<div style="line-height:1.7;color:#000000;font-size:14px;font-family:arial">Thank you very much for your reply, Mark<br><br>It is the topology problem. It seems I did it in a wrong way. Now the topology goes like this: <br>&nbsp;&nbsp; <span style="FONT-SIZE: 18px">&nbsp;&nbsp;<span style="FONT-SIZE: 13px"> &nbsp;&nbsp; [ molecules ]<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; Compound&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; #mols<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Protein_chain_A&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Protein_chain_A2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; POPC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 256</span></span><br>This problem solved.<br><br>But then comes a new one. When I did the g_membed, the system blowed up after one iteration!<br>I think I really shouldn't ignore the warning from the grompp. However, as an inexper
 ienced user, I don't know how to improve the mdp file. Can you give me any hint?<br>The mdp file for the g_membed is like this:<br><blockquote><span style="font-size: 13px;">cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; /lib/cpp</span><br><span style="font-size: 13px;">; Run parameters</span><br><span style="font-size: 13px;">integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = md&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span><br><span style="font-size: 13px;">nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span><br><span style="font-size: 13px;">dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.002&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span><br><span style="font-size: 13px;">; Output control</span><br><span style="font-size: 13px;">nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10&n
 bsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span><br><span style="font-size: 13px;">nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span><br><span style="font-size: 13px;">nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span><br><span style="font-size: 13px;">nstlog&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span><br><span style="font-size: 13px;">; Bond parameters</span><br><span style="font-size: 13px;">continuation&nbsp;&nbsp;&nbsp; = no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span><br><span style="font-size: 13px;">constraint_algorithm = lincs&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span><br><span style="font-size: 13px;">constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = all-bonds&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span><br><span style="font-size: 13px;">lincs_iter&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 &nbsp; = 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span><br><span style="font-size: 13px;">lincs_order&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span><br><span style="font-size: 13px;">; Neighborsearching</span><br><span style="font-size: 13px;">ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = grid&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span><br><span style="font-size: 13px;">nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span><br><span style="font-size: 13px;">rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span><br><span style="font-size: 13px;">rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span><br><span style="font-size: 13px;">rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nb
 sp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span><br><span style="font-size: 13px;">; Electrostatics</span><br><span style="font-size: 13px;">coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = PME&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span><br><span style="font-size: 13px;">pme_order&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span><br><span style="font-size: 13px;">fourierspacing&nbsp; = 0.16&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span><br><span style="font-size: 13px;">; Temperature coupling is on</span><br><span style="font-size: 13px;">tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = V-rescale&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span><br><span style="font-size: 13px;">tc-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Protein Non-Protein&nbsp;&nbsp; </span><br><span style="font-size: 13px;">tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.1&nbsp;&nbsp; 0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&
 nbsp; </span><br><span style="font-size: 13px;">ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 300&nbsp;&nbsp; 300&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span><br><span style="font-size: 13px;">; Pressure coupling is on</span><br><span style="font-size: 13px;">Pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Berendsen</span><br><span style="font-size: 13px;">pcoupltype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = semiisotropic</span><br><span style="font-size: 13px;">tau_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0</span><br><span style="font-size: 13px;">compressibility&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 4.5e-5&nbsp; 4.5e-5</span><br><span style="font-size: 13px;">ref_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp
 ;&nbsp;&nbsp; = 1.0&nbsp;&nbsp; 1.0</span><br><span style="font-size: 13px;">; Velocity generation</span><br><span style="font-size: 13px;">gen_vel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = yes</span><br><span style="font-size: 13px;">gen_temp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 300</span><br><span style="font-size: 13px;">gen_seed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 173529</span><br><span style="font-size: 13px;">; Energy monitoring</span><br><span style="font-size: 13px;">energygrps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; Protein</span><br><span style="font-size: 13px;">; Non-equilibrium MD</span><br><span style="font-size: 13px;">freezegrps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; Protein</span><br><span style="font-size: 13px;">freezedim&nbsp;&nb
 sp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; Y Y Y</span><br><span style="font-size: 13px;">; Energy group exclusions</span><br><span style="font-size: 13px;">energygrp_excl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; Protein Protein</span><br></blockquote><br><div></div><div id="divNeteaseMailCard"></div>Thanks a lot!<br>Linda<br><br><br><br></div><br><br><span title="neteasefooter"><span id="netease_mail_footer"></span></span>