<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    On 11/11/2011 3:01 AM, James Starlight wrote:
    <blockquote
cite="mid:CAALQopw-vgyeV18jeaaEUMErrWBy2JH0L7rbh-5vpdMn95aemw@mail.gmail.com"
      type="cite">Mark,<br>
      <br>
      I've mistaken<br>
      <br>
      I need to invert impropers for DIHEDRAL for Calpha atom. By this
      way I want to change L form to D form for Gromos ff. Does this
      correct ?<br>
      <br>
      &nbsp;[ dihedrals ]<br>
      ;&nbsp; ai&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj&nbsp;&nbsp;&nbsp; ak&nbsp;&nbsp;&nbsp; al&nbsp;&nbsp; gromos type<br>
      &nbsp; -CA&nbsp;&nbsp;&nbsp; -C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gd_14&nbsp;&nbsp; <br>
      &nbsp;&nbsp; -C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gd_39&nbsp;&nbsp; <br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp; CG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gd_34&nbsp;&nbsp; <br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; +N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gd_40&nbsp;&nbsp; <br>
      &nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp; CG&nbsp;&nbsp; CD1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gd_34&nbsp;&nbsp; <br>
    </blockquote>
    <br>
    I've no idea what any of the above was intended to mean. I'll repeat
    myself again, there's nothing about the improper dihedrals that
    enforces a particular chirality. Proper dihedrals also don't care
    about chirality. Chirality is set in the starting configuration, and
    merely preserved by the force field.<br>
    <br>
    <blockquote
cite="mid:CAALQopw-vgyeV18jeaaEUMErrWBy2JH0L7rbh-5vpdMn95aemw@mail.gmail.com"
      type="cite"><br>
      <br>
      So I think that I need to make corrections in that gd_n&nbsp; files.
      But in what exactly and where in manual could I read about that
      parametrisation ?<br>
    </blockquote>
    <br>
    See the #defines in ffbonded.itp. The implementation of the GROMOS
    force fields are a bit idiosyncratic this way.<br>
    <br>
    Mark<br>
    <br>
    <blockquote
cite="mid:CAALQopw-vgyeV18jeaaEUMErrWBy2JH0L7rbh-5vpdMn95aemw@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <br>
      It could be cool that in that section such information present :)
      <br>
      <a moz-do-not-send="true"
href="http://www.gromacs.org/Documentation/Terminology/Dihedral?highlight=dihedral">http://www.gromacs.org/Documentation/Terminology/Dihedral?highlight=dihedral</a><br>
      <br>
      <br>
      <div class="gmail_quote">2011/11/10 Mark Abraham <span dir="ltr">&lt;<a
            moz-do-not-send="true" href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;</span><br>
        <blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid
          rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left:
          1ex;">
          <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">First, identify that
            there's anything to invert. Look at the #define lines for
            gi_1 and gi_2 and the manual sections for impropers. There's
            nothing associated with any handedness. The impropers for
            chirality prevent inversion, rather than enforcing a
            particular chirality. You can test this yourself. Make a
            .tpr of an L-amino acid and .gro files of each chirality,
            and then use mdrun -rerun Lconfiguration.gro -s
            Lconfiguration and compare with mdrun -rerun
            Rconfiguration.gro -s Lconfiguration.<br>
            <font color="#888888"> </font><br>
          </div>
        </blockquote>
      </div>
      <br>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>