<div>Hi there</div><div> </div><div>I am trying to build up a topology file for a tetra nitrogen molecule using Gromos UA and OPLS UA force field. Following are the molecules. </div><div> </div><div>1. for                         C                                        </div>
<div>                                  |                 </div><div> A.  C-C-C-C-C-C-C-N-C          and</div><div>                                  |</div><div>                                 C</div><div> </div><div>                                  C                                        <div>
                                   |                 </div><div> B.   C-C-C-C-C-C-C-N-C-C-C-C-COOH      </div><div>                                                                         |</div><div>                                  C</div>
<div> </div><div>I have several questions:</div><div> </div><div>For A, the first molecule, should I use improper dihedral for the N-(CH3)3 or proper dihedral for C-C-N-C with multi 3 for the head group? Is there any differences when using different force field (GROMOS and OPLS-UA)?</div>
<div>For B, the second molecule, should I use improper dihedral for the N-(CH3)3 or proer dihedral for C-C-N-C with multi 2? Is there any differences when using different force field (GROMOS UA and OPLS UA)?</div><div> </div>
<div>The first expression about improper didedral is a planer restriction. When read the manual it also refers to the tetrahedral structure like this tetra nitrogen functional group. My question is when it has really long hydrocarbon tail, I guess it will be hard to flip over to the mirror images. Or it is not true in the simulation?</div>
<div> </div><div>Thank you very much!!!</div><div> </div><div>Best!</div><div>Xueming</div><div> </div><div>  </div><div> </div><div> </div><div> </div></div>