<font color="#000099"><font face="verdana,sans-serif">Hi, all,</font></font><div><font color="#000099"><font face="verdana,sans-serif">I am wondering if Gromacs can do the following work?</font></font></div><div><font color="#000099"><font face="verdana,sans-serif"><br>
</font></font></div><div><font color="#000099"><font face="verdana,sans-serif">Assuming I have a pdb file of an RNA molecule. Some atoms may be too close or even overlap, I am wondering if Gromacs can move the atoms to reasonable positions and remove the bad contacts? The final structure is supposed to be the &quot;most&quot; stable structure with minimal energy. I know AMBER minimization can do this work, and I am wondering if Gromacs can do the same?<br clear="all">
</font></font><div><br></div>-- <br>Best,<br>Liang Liu<br>
</div>