Hi everyone,<br><br>I am just wondering about the mathematical and physical meaning of this force constant when pulling a ligand from its receptor.<br><br>So I can imagine a dummy atom is linked to the ligand via a spring, and it is moving away from the receptor at 1 nm/ns with the spring force constant 1000 kJ/mol/nm^2. After it moved a very small distance, for example 0.0001 nm, which would be the change in the length of the spring, there will be a corresponding force 0.1 kJ/mol/nm, which is 0.166 pN. So is this force only directly exerted on the COM of the ligand? Or it&#39;s been distributed across every atom within the ligand?<br>

<br>From this imagined model, is seems the force constant does not have as much effect on the quality (i.e. better quality means closer to a reversible thermodynamic process) of the pulling process as the pulling rate. But I wonder, would reducing force constant by 50% have the same effect on decreasing computational load as reducing pulling rate by 50%? Supposing a set pulled distance 5 nm is required, which one should save more computational time?<br>

<br>Thanks for any suggestion.<br>Yun<br>