<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=us-ascii">
<meta name="Generator" content="Microsoft Word 12 (filtered medium)">
<style id="owaParaStyle"><!--
/* Font Definitions */
@font-face
        {font-family:Helvetica;
        panose-1:2 11 6 4 2 2 2 2 2 4;}
@font-face
        {font-family:Helvetica;
        panose-1:2 11 6 4 2 2 2 2 2 4;}
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Tahoma;
        panose-1:2 11 6 4 3 5 4 4 2 4;}
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0cm;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman","serif";}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:purple;
        text-decoration:underline;}
p
        {mso-style-priority:99;
        margin:0cm;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman","serif";}
span.EmailStyle18
        {mso-style-type:personal-reply;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:#1F497D;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;
        font-size:10.0pt;}
@page WordSection1
        {size:612.0pt 792.0pt;
        margin:72.0pt 72.0pt 72.0pt 72.0pt;}
div.WordSection1
        {page:WordSection1;}
--></style><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapelayout v:ext="edit">
<o:idmap v:ext="edit" data="1" />
</o:shapelayout></xml><![endif]-->
</head>
<body lang="EN-US" link="blue" vlink="purple">
<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">Sorry, ignore my last post, only just realised you had set your probe to 0 radius.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">Catch ya,<br>
<br>
Dr. Dallas Warren<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">Medicinal Chemistry and Drug Action<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">Monash Institute of Pharmaceutical Sciences</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">, Monash University<br>
381 Royal Parade, Parkville VIC 3010<br>
dallas.warren@monash.edu<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">&#43;61 3 9903 9304<br>
---------------------------------<br>
When the only tool you own is a hammer, every problem begins to resemble a nail.</span><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">
<o:p></o:p></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<div style="border:none;border-left:solid blue 1.5pt;padding:0cm 0cm 0cm 4.0pt">
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm">
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Tahoma&quot;,&quot;sans-serif&quot;">From:</span></b><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Tahoma&quot;,&quot;sans-serif&quot;"> gmx-users-bounces@gromacs.org [mailto:gmx-users-bounces@gromacs.org]
<b>On Behalf Of </b>Jacob Alan Spooner<br>
<b>Sent:</b> Tuesday, 15 November 2011 11:29 AM<br>
<b>To:</b> gmx-users@gromacs.org<br>
<b>Subject:</b> [gmx-users] Questionable van der waals volumes from g_sas<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Tahoma&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:black">Hello gmx-users<br>
<br>
I have been attempting to obtain van der Waal's volumes using the g_sas utility.&nbsp; The command I use to do so is something like<br>
<br>
g_sas -f hexane.gro -s topol.tpr -probe 0 -tv V_vdw.xvg <br>
<br>
This seems to give reasonable results for most of my test systems, however when I run the command on an optimized structure of cyclohexane I get a larger van der Waal's volume than that of n-hexane.&nbsp; I think this has to do with the fact that the surface calculation
 method used in g_sas is missing the void in the centre of the ring.&nbsp; In order to test this I increased the size of the ring, calculating the volumes of icosane and cycloicosane.&nbsp; I found that in this case the volume of the cyclic molecule was expectedly smaller.&nbsp;
 I tried increasing the number of dots used to draw the dot-surface but saw no significant change in the volumes.<br>
<br>
Therefore my question is if anybody is familiar enough with g_sas to help me understand why the surface calculation method is not giving sensible values for these smaller ring systems.&nbsp; Also I am wondering if anybody can suggest any other free software that
 would allow me to compute van der Waal's and Solvent Excluded volumes.<br>
<br>
Thanks in advance.<br>
<br>
Jake Spooner<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
</div>
</body>
</html>