<font color="#000099"><font face="verdana,sans-serif">I am trying to use a serial of tabulated potentials, which are the functions of the distance between atoms and the names are table.xvg, table_P_P.xvg, table_C_P.xvg, etc., to do the energy minimization of some RNA structures.</font></font><div>
<font color="#000099"><font face="verdana,sans-serif">The procedure I apply is as following:</font></font></div><div><font color="#000099"><font face="verdana,sans-serif"><br></font></font></div><div><font color="#000099"><font face="verdana,sans-serif"><div>
pdb2gmx -f rna.pdb -o conf.pdb -ff amber03 -water spce</div><div>editconf -bt octahedron -f conf.pdb -o box.pdb -d 1.0</div><div>genbox -cp box.pdb -cs spc216 -o water.pdb -p topol.top</div><div>grompp -f em.mdp -c water.pdb -p topol.top -o em.tpr -maxwarn 2</div>
<div>mdrun -v -s em.tpr -c em.pdb -table table.xvg</div><div><br></div><div>And the em.mdp file is:</div><div><div>cpp                 =  /usr/bin/cpp            ; Preprocessor</div><div>include             =  -I../top                ; Directories to include in the topology format</div>
<div>define              =  -DFLEX_SPC</div><div>integrator          =  steep                   ; Algorithm options</div><div>dt                  =  0.002    ; ps !         ; run control, the time step</div><div>nsteps              =  1000                    ; run steps, simulation length = dt*nsteps</div>
<div>nstenergy           =  10                      ; Write energies to disk every nstenergy steps</div><div>nstxtcout           =  10                      ; Write coordinates to disk every nstxtcout steps</div><div>xtc_grps            =  RNA                     ; Which coordinate group(s) to write to disk</div>
<div>energygrps          =  RNA                     ; Whici energy group(s) to write to disk</div><div>nstlist             =  10                      ; Frequency to update the neighbor list and long range forces</div><div>
ns_type             =  grid                    ; Method to determine neighbor list and long range forces (simple, grid)</div><div>rlist               =  1.0                     ; Cut-off for making neighbor list (short range forces)</div>
<div>vdw-type            =  user</div><div>coulombtype         =  user                    ; Treatment of long range electrostatic interactions</div><div>rcoulomb            =  1.0                     ; long range electrostatic cut-off</div>
<div>rvdw                =  1.0                     ; long range Van der Walls cut-off</div><div>constraints         =  none</div><div>pbc                 =  xyz</div><div>emtol               =  5000.0</div><div>emstep              =  0.01</div>
</div></font></font><div><br></div><div>All the procedure and file are right? Thanks.</div><div><br></div>-- <br>Best,<br>Liang Liu<br>
</div>