Dear friends,<br><br>i had a problem while running the of protein-ligand complex simulation, in which i have generated the ligand toplogy by using online Prodrg server and iam using gromos 96.1froce field.<br><br clear="all">
 there was an note and an error during minimization <br><br>NOTE 2 [file trp.top]:<br>  The largest charge group contains 15 atoms.<br>  Since atoms only see each other when the centers of geometry of the charge<br>  groups they belong to are within the cut-off distance, too large charge<br>
  groups can lead to serious cut-off artifacts.<br>  For efficiency and accuracy, charge group should consist of a few atoms.<br>  For all-atom force fields use: CH3, CH2, CH, NH2, NH, OH, CO2, CO, etc.<br><br>Analysing residue names:<br>
There are:   223    Protein residues<br>There are:     1      Other residues<br>There are: 25853      Water residues<br>Analysing Protein...<br>Analysing residues not classified as Protein/DNA/RNA/Water and splitting into groups...<br>
Number of degrees of freedom in T-Coupling group rest is 161838.00<br>Largest charge group radii for Van der Waals: 0.790, 0.356 nm<br>Largest charge group radii for Coulomb:       0.790, 0.399 nm<br><br>WARNING 1 [file em.mdp]:<br>
  The sum of the two largest charge group radii (1.188798) is larger than<br>  rlist (1.000000)<br><br>i am using the mdp file the one that i copied from gromacs protein-ligand tutorial<br><br>can any one please explain these errors so that i can go farward in my work.<br>
<br>and i have a doubt, as there are other updated forcefields, how much reliable is the gromos 96 ff....<br> <br>-- <br>Arun Kumar Somavarapu<br>Project-JRF<br><div>Dr. Prasanna&#39;s lab<br>TMC, ACTREC<br>Navi Mumbai-410210<br>
</div><br>