>From your system information, I understand that you need to specify tabulated potentials between atoms P and P, and between atoms C and P, and so on. <br><br>To achieve this, you need to create energy groups with atom types P and C, and specify energygrp_table options in the grompp such as following<br>
<br>....<br><br>energygrps = P C ; (and rest of the groups in your system, you will need to specify index file containing energy groups ) <br>energygrp_table = P P P C<br><br>....<br><br>so now mdrun looks for table_P_P.xvg and table_P_C.xvg in the run directory, and uses it for P-P and P-C interactions, whereas for all other interactions default table.xvg file is used.<br>
<br><br>I hope this helps.<br><br>Regards<br>Sikandar<br><br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Nov 15, 2011 at 2:49 PM, Liu, Liang <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:liu4gre@gmail.com">liu4gre@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;"><font color="#000099"><font face="verdana,sans-serif">I am trying to use a serial of tabulated potentials, which are the functions of the distance between atoms and the names are table.xvg, table_P_P.xvg, table_C_P.xvg, etc., to do the energy minimization of some RNA structures.</font></font><div>

<font color="#000099"><font face="verdana,sans-serif">The procedure I apply is as following:</font></font></div><div><font color="#000099"><font face="verdana,sans-serif"><br></font></font></div><div><font color="#000099"><font face="verdana,sans-serif"><div>

pdb2gmx -f rna.pdb -o conf.pdb -ff amber03 -water spce</div><div>editconf -bt octahedron -f conf.pdb -o box.pdb -d 1.0</div><div>genbox -cp box.pdb -cs spc216 -o water.pdb -p topol.top</div><div>grompp -f em.mdp -c water.pdb -p topol.top -o em.tpr -maxwarn 2</div>

<div>mdrun -v -s em.tpr -c em.pdb -table table.xvg</div><div><br></div><div>And the em.mdp file is:</div><div><div>cpp                 =  /usr/bin/cpp            ; Preprocessor</div><div>include             =  -I../top                ; Directories to include in the topology format</div>

<div>define              =  -DFLEX_SPC</div><div>integrator          =  steep                   ; Algorithm options</div><div>dt                  =  0.002    ; ps !         ; run control, the time step</div><div>nsteps              =  1000                    ; run steps, simulation length = dt*nsteps</div>

<div>nstenergy           =  10                      ; Write energies to disk every nstenergy steps</div><div>nstxtcout           =  10                      ; Write coordinates to disk every nstxtcout steps</div><div>xtc_grps            =  RNA                     ; Which coordinate group(s) to write to disk</div>

<div>energygrps          =  RNA                     ; Whici energy group(s) to write to disk</div><div>nstlist             =  10                      ; Frequency to update the neighbor list and long range forces</div><div>

ns_type             =  grid                    ; Method to determine neighbor list and long range forces (simple, grid)</div><div>rlist               =  1.0                     ; Cut-off for making neighbor list (short range forces)</div>

<div>vdw-type            =  user</div><div>coulombtype         =  user                    ; Treatment of long range electrostatic interactions</div><div>rcoulomb            =  1.0                     ; long range electrostatic cut-off</div>

<div>rvdw                =  1.0                     ; long range Van der Walls cut-off</div><div>constraints         =  none</div><div>pbc                 =  xyz</div><div>emtol               =  5000.0</div><div>emstep              =  0.01</div>

</div></font></font><div><br></div><div>All the procedure and file are right? Thanks.</div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div><br></div>-- <br>Best,<br>Liang Liu<br>
</font></span></div>
<br>--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br></blockquote></div><br>