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Here I’d like to present the changes I needed to make to the oplsaa.ff/* force field files in order to accomplish this; I would like to elicit comments, and hopefully this will also be useful to others.<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><p class=MsoListParagraph style='text-indent:-.25in;mso-list:l1 level1 lfo2'><![if !supportLists]><span style='mso-list:Ignore'>1)<span style='font:7.0pt "Times New Roman"'> </span></span><![endif]><span dir=LTR></span>Added to aminoacids.rtp :<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>[ NAG ] ; N-Acetylglucosamine<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> [ atoms ]<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> C1 opls_195 +0.365 1 <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> HC1 opls_196 +0.100 1<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> O1 opls_187 -0.700 1<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> HO1 opls_188 +0.435 1<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> C5 opls_183 +0.170 1<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> HC5 opls_185 +0.030 1<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> O5 opls_180 -0.400 1<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> C2 opls_229 +0.140 2<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> HC2 opls_140 +0.060 2<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> N2 opls_238 -0.500 2<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> HN2 opls_241 +0.300 2<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> C3 opls_158 +0.205 3<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> HC3 opls_140 +0.060 3 <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> O3 opls_154 -0.683 3<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> HO3 opls_155 +0.418 3 <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> C4 opls_158 +0.205 4<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> HC4 opls_140 +0.060 4 <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> O4 opls_154 -0.683 4<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> HO4 opls_155 +0.418 4<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> C6 opls_157 +0.145 5<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> HC61 opls_140 +0.060 5<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> HC62 opls_140 +0.060 5<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> O6 opls_154 -0.683 5<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> HO6 opls_155 +0.418 5<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> C7 opls_235 +0.500 6<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> O7 opls_236 -0.500 6<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> C8 opls_135 -0.180 7<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> HC81 opls_140 +0.060 7<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> HC82 opls_140 +0.060 7<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> HC83 opls_140 +0.060 7<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> [ bonds ]<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> C1 HC1<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> C1 O1<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> C1 C2<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> C1 O5<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> O1 HO1<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> C2 HC2<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> C2 N2<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> C2 C3<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> N2 HN2<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> N2 C7<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> C3 HC3<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> C3 O3<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> C3 C4<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> O3 HO3<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> C4 HC4<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> C4 O4<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> C4 C5<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> O4 HO4<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> C5 HC5<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> C5 O5<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> C5 C6<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> C6 HC61<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> C6 HC62<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> C6 O6<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> O6 HO6<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> C7 O7<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> C7 C8<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> C8 HC81<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> C8 HC82<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> C8 HC83<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><p class=MsoListParagraph style='text-indent:-.25in;mso-list:l1 level1 lfo2'><![if !supportLists]><span style='mso-list:Ignore'>2)<span style='font:7.0pt "Times New Roman"'> </span></span><![endif]><span dir=LTR></span>Added to aminoacids.hdb :<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>NAG 12<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>1 5 HC1 C1 O5 O1 C2<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>1 5 HC2 C2 C1 N2 C3<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>1 5 HC3 C3 C2 O3 C4<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>1 5 HC4 C4 C3 O4 C5<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>1 5 HC5 C5 C4 C6 O5<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>1 2 HO1 O1 C1 C2<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>1 2 HO3 O3 C3 C4<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>1 2 HO4 O4 C4 C5<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>1 2 HO6 O6 C6 C5<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>1 1 HN2 N2 C2 C7<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>2 6 HC6 C6 C5 O6<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>3 4 HC8 C8 C7 N2<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><p class=MsoListParagraph style='text-indent:-.25in;mso-list:l1 level1 lfo2'><![if !supportLists]><span style='mso-list:Ignore'>3)<span style='font:7.0pt "Times New Roman"'> </span></span><![endif]><span dir=LTR></span>Added to ffbonded.itp :<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>[ angletypes ]<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>; i j k func th0 cth<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>CO CT N 1 109.700 669.440 ; copied from: CT CT N ; ALA JACS 94, 2657<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal>[ dihedraltypes ]<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>; i j k l func coefficients<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> HC CO OH HO 3 0.94140 2.82420 0.00000 -3.76560 0.00000 0.00000 ; copied from: HC CT OH HO ; alcohols AA<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> CT CO OH HO 3 -0.44350 3.83255 0.72801 -4.11705 0.00000 0.00000 ; copied from: CT CT OH HO ; alcohols AA<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> HC CO CT HC 3 0.62760 1.88280 0.00000 -2.51040 0.00000 0.00000 ; copied from: HC CT CT HC ; hydrocarbon *new* 11/99<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> HC CO CT N 3 0.97069 2.91206 0.00000 -3.88275 0.00000 0.00000 ; copied from: HC CT CT N ; N-ethylformamide<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> HC CT CO OH 3 0.97905 2.93716 0.00000 -3.91622 0.00000 0.00000 ; copied from: HC CT CT OH ; alcohols, ethers AA<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> C N CT CO 3 -4.70700 2.92044 1.78656 0.00000 0.00000 0.00000 ; copied from: C N CT CT ; N-ethylformamide<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> N CT CT OH 3 9.89307 -4.71746 3.67774 -8.85335 0.00000 0.00000 ; copied from : N CT_2 CT OH ; Chi for Ser & Thr<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> N CT CO OH 3 9.89307 -4.71746 3.67774 -8.85335 0.00000 0.00000 ; copied from : N CT_2 CT OH ; Chi for Ser & Thr<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> N CT CO OS 3 2.92880 -1.46440 0.20920 -1.67360 0.00000 0.00000 ; copied from: N3 CT CT OS ; Guess for lipids <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><p class=MsoListParagraph style='text-indent:-.25in;mso-list:l1 level1 lfo2'><![if !supportLists]><span style='mso-list:Ignore'>4)<span style='font:7.0pt "Times New Roman"'> </span></span><![endif]><span dir=LTR></span>Added to gbsa.itp :<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>opls_180 0.152 1 1.080 0.1535 0.85 ; copied from opls_154 ; <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>opls_183 0.18 1 1.276 0.190 0.72 ; copied from opls_158 ; <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>opls_185 0.1 1 1 0.125 0.85 ; copied from opls_140 ; <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>opls_187 0.152 1 1.080 0.1535 0.85 ; copied from opls_154 ; <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>opls_188 0.1 1 1 0.105 0.85 ; copied from opls_155 ; <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>opls_195 0.18 1 1.276 0.190 0.72 ; copied from opls_158 ; <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>opls_196 0.1 1 1 0.125 0.85 ; copied from opls_140 ; <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>opls_229 0.18 1 1.276 0.190 0.72 ; copied from opls_158 ; <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal>So, are my choices reasonable? Could this have been done in some easier fashion?<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal>Thanks,<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>Ehud Schreiber.<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p></div></body></html>