<p>In any case, if you really want to see flexibility then you need RMSF and not RMSD as the later will only tell you about how similar is the configuration of a sidechain compared to a reference frame. If that is still what you want i think VMD has a tool for that in the timeline plugin.</p>
<p>&nbsp;</p>
<p>regards</p>
<p>&nbsp;</p>
<p>Felipe</p>
<blockquote>----Mensaje original----<br /> De: gianluca.santoni@ibs.fr<br /> Fecha: 15-nov-2011 10:18<br /> Para: "Discussion list for GROMACS users"&lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br /> Asunto: Re: [gmx-users] RMSD<br /> <br /> <!--        --> On 11/15/11 8:23 PM, shahid nayeem wrote:
<blockquote cite="mid:CAB_3DJa8m-jooJb=CMSCMRds8jA-rzDM7GMDm+OKu7s7Qem8tA@mail.gmail.com">Dear all
<div>I am interested to get contour plot of residue RMSD vs time         graph. I want to get the flexible and rigid regions of protein         chain during simulation. g_rmsf does not gives me this plot.</div>
<div>Please help</div>
<div>shahid Nayeem</div>
<div><br /></div>
<br /> <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset> <br /></blockquote>
Try g_rmsf -res , it could be useful, maybe.<br /> <br />
<pre class="moz-signature">-- 
Gianluca Santoni,
Institut de Biologie Structurale
41 rue Horowitz
Grenoble
_________________________________________________________
Please avoid sending me Word or PowerPoint attachments.
See <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.gnu.org/philosophy/no-word-attachments.html">http://www.gnu.org/philosophy/no-word-attachments.html</a></pre>
<br /></blockquote>
<p>&nbsp;</p>