<font color="#000099"><font face="verdana,sans-serif">Well, I already have the xvg files from others. However I don&#39;t know how to use it.<br></font></font><br><div class="gmail_quote">On Thu, Nov 17, 2011 at 10:00 AM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;"><div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
<br>
Liu, Liang wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Dear all,<br>
<br>
I am trying to calculate potentials for RNA structures with a serial of tabulated potentials (non-bonded).<br>
And the only potential I am going to use is the tabulated potentials, and the effect from force field should be removed.<br>
However, when I use pdb2gmx to build the topology file, I have to choose a force field. What should I do for that? Thanks.<br>
<br>
</blockquote>
<br></div></div>
It sounds like you need to be constructing your own force field, completely, from scratch.  If you&#39;re not looking to use the existing force fields, this sounds like the only real solution.  You can take the time to make .xvg files for bonded and nonbonded interactions (see the manual), but that is probably just as much work and your simulations will be much slower.<br>

<br>
-Justin<br>
<br>
-- <br>
==============================<u></u>==========<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | <a href="tel:%28540%29%20231-9080" value="+15402319080" target="_blank">(540) 231-9080</a><br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.<u></u>vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
==============================<u></u>==========<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
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Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
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</font></span></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>Best,<br>Liang Liu<br>