<font color="#000099"><font face="verdana,sans-serif">Well my first question is: if the pdb2gmx command must take a force file? I guess it should be necessary. Then the available list contains amber and others, but not user-specified potential. This will affect the future simulation or calculation?<br>
</font></font><br><div class="gmail_quote">On Thu, Nov 17, 2011 at 10:06 AM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
<div class="im"><br>
<br>
Liu, Liang wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Well, I already have the xvg files from others. However I don&#39;t know how to use it.<br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
Start with the manual, where modifications to the topology and relevant commands and files are described.  Then refer to the how-to online, which has specific instructions.  Then, ask specific questions of problems you are having.  I doubt anyone on this list will be able or willing to guess where your problems are at this point.<br>

<br>
-Justin<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class="im">
On Thu, Nov 17, 2011 at 10:00 AM, Justin A. Lemkul &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;&gt; wrote:<br>

<br>
<br>
<br>
    Liu, Liang wrote:<br>
<br>
        Dear all,<br>
<br>
        I am trying to calculate potentials for RNA structures with a<br>
        serial of tabulated potentials (non-bonded).<br>
        And the only potential I am going to use is the tabulated<br>
        potentials, and the effect from force field should be removed.<br>
        However, when I use pdb2gmx to build the topology file, I have<br>
        to choose a force field. What should I do for that? Thanks.<br>
<br>
<br>
    It sounds like you need to be constructing your own force field,<br>
    completely, from scratch.  If you&#39;re not looking to use the existing<br>
    force fields, this sounds like the only real solution.  You can take<br>
    the time to make .xvg files for bonded and nonbonded interactions<br>
    (see the manual), but that is probably just as much work and your<br>
    simulations will be much slower.<br>
<br>
    -Justin<br>
<br></div>
    --     ==============================<u></u>__==========<div class="im"><br>
<br>
    Justin A. Lemkul<br>
    Ph.D. Candidate<br>
    ICTAS Doctoral Scholar<br>
    MILES-IGERT Trainee<br>
    Department of Biochemistry<br>
    Virginia Tech<br>
    Blacksburg, VA<br></div>
    jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> &lt;<a href="http://vt.edu" target="_blank">http://vt.edu</a>&gt; | <a href="tel:%28540%29%20231-9080" value="+15402319080" target="_blank">(540) 231-9080</a><br>

    &lt;tel:%28540%29%20231-9080&gt;<br>
    <a href="http://www.bevanlab.biochem." target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.</a>__<a href="http://vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank"><u></u>vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
    &lt;<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.<u></u>vt.edu/Pages/Personal/justin</a>&gt;<br>
<br>
    ==============================<u></u>__==========<div class="im"><br>
    --     gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br></div>
    &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
    <a href="http://lists.gromacs.org/__mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/__<u></u>mailman/listinfo/gmx-users</a><div class="im"><br>
    &lt;<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/<u></u>mailman/listinfo/gmx-users</a>&gt;<br>
    Please search the archive at<br></div>
    <a href="http://www.gromacs.org/__Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/__<u></u>Support/Mailing_Lists/Search</a><div class="im"><br>
    &lt;<a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists/Search</a>&gt; before posting!<br>
    Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www<br>
    interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br></div>
    &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@<u></u>gromacs.org</a>&gt;.<br>
    Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/__Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/__<u></u>Support/Mailing_Lists</a><div class="im"><br>
    &lt;<a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists</a>&gt;<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
-- <br>
Best,<br>
Liang Liu<br>
</div></blockquote><div class="HOEnZb"><div class="h5">
<br>
-- <br>
==============================<u></u>==========<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | <a href="tel:%28540%29%20231-9080" value="+15402319080" target="_blank">(540) 231-9080</a><br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.<u></u>vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
==============================<u></u>==========<br>
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/<u></u>mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists</a><br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>Best,<br>Liang Liu<br>