Dear Gromacs users<br><br>I am trying to simulate a protein complex. That complex has been obtained after protein-protein docking.<br><br>I have geneated topology, defined box and solvate, added ions successfully. My complex is centered in box. <br>
<br>but when I performed Energy minimization then my protein complex comes out of box from one side. <br><br>can any body help me in fixing this problem so that i could proceed towards equilibrium steps..<br><br>Many thanks with anticipation<br>
<br><br>Regards<br>Saba<br><br clear="all"><br>-- <br>Saba Ferdous<div>Research Scholar (M. Phil)</div><div>National Center for Bioinformatics</div><div>Quaid-e-Azam University, Islamabad</div><div>Pakistan</div><br>