<br><br><div class="gmail_quote">---------- Forwarded message ----------<br>From: <b class="gmail_sendername">swati patel</b> <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:swatipatel088@gmail.com">swatipatel088@gmail.com</a>&gt;</span><br>
Date: Sat, Nov 19, 2011 at 3:18 PM<br>Subject: afm simulation<br>To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br><br><br>Hello Justin,<br><br>I am following your tutorial on umbrella sampling.My project is on afm simulation of streptavidin-biotin complex.Till index.idx i ve created all my files.But as per your tutorial you have discussed of frames extraction and configurations.Since i am dealing with pull afm,so do I also need to extract frames and generate configuration ??<br>

<br>Please tell me about the next step after doing npt equlibration and generating index.idx files?<br><br>Thanx<br>
</div><br>