<div>dear teachear,</div><div>i do remd in NPT,</div><div>when it exchange the replica, it will be bombed!! </div><div><br></div><div>step 4000000, will finish Wed Nov 23 23:21:34 2011</div><div>Warning: 1-4 interaction between 1384 and 1396 at distance 140.157 which is larger than the 1-4 table size 20.895 nm</div>
<div>These are ignored for the rest of the simulation</div><div>This usually means your system is exploding,</div><div>if not, you should increase table-extension in your mdp file</div><div>or with user tables increase the table size</div>
<div><br></div><div>-------------------------------------------------------</div><div>Program mdrun_mpi_4.5.5, VERSION 4.5.5</div><div>Source code file: nsgrid.c, line: 549</div><div><br></div><div>Range checking error:</div>
<div>Explanation: During neighborsearching, we assign each particle to a grid</div><div>based on its coordinates. If your system contains collisions or parameter</div><div>errors that give particles very high velocities you might end up with some</div>
<div>coordinates being +-Infinity or NaN (not-a-number). Obviously, we cannot</div><div>put these on a grid, so this is usually where we detect those errors.</div><div>Make sure your system is properly energy-minimized and that the potential</div>
<div>energy seems reasonable before trying again.</div><div>Variable ci has value 175. It should have been within [ 0 .. 168 ]</div><div><br></div><div>For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS</div>
<div>website at <a href="http://www.gromacs.org/Documentation/Errors">http://www.gromacs.org/Documentation/Errors</a></div><div><br></div><div>thanks!!!</div><div><span class="Apple-style-span" style="font-family: arial, sans-serif; font-size: 14px; border-collapse: collapse; color: rgb(34, 34, 34); "><div>
regards,</div><div><span style="font-family: arial, sans-serif; font-size: 14px; border-collapse: collapse; color: rgb(80, 0, 80); "><div>Bo Du</div><div>Department of Polymer Science and Engineering,</div><div>School of Chemical Engineering and technology,</div>
<div>Tianjin University, Weijin Road 92, Nankai District 300072,</div><div>Tianjin City P. R. China</div><div>Tel/Fax: +86-22-27404303</div><div>E-mail: <a href="mailto:2008dubo@gmail.com" target="_blank" style="color: rgb(17, 85, 204); ">2008dubo@gmail.com</a></div>
</span></div></span></div><div><br></div>