<div>I recompiled gromacs, lam, fftw3 on both PCs with the same version of intel compilers (before they were different, v. 10 &amp; 12), set gen_vel=no and optimize_fft=no. </div><div> </div><div>With these changes I am getting agreement between two PCs within ~5% (was ~20% before). Ignore the nsteps value from the pasted mdp file. The actual run with ~20% difference was for the 30 ns run. I will test longer runs. </div>
<div> </div><div>Is there anything else to consider for better reproducability on two PCs? Hardware is the same, but OSes are RedHat and OpenSuse.  <br><br></div><div class="gmail_quote">On Sat, Nov 19, 2011 at 11:31 AM, Mark Abraham <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote style="margin: 0px 0px 0px 0.8ex; padding-left: 1ex; border-left-color: rgb(204, 204, 204); border-left-width: 1px; border-left-style: solid;" class="gmail_quote">
  
    
  
  <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000"><div class="im">
    On 19/11/2011 10:10 PM, Igor Druz wrote:
    <blockquote type="cite">Hello,
      <div><br>
      </div>
      <div>I am running MDs on a linux PC with OpenSuse, using:</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>mpirun -np 4 mdrun -v -dlb auto -reprod ....</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>If I repeat the calculation on the same PC, I get the same
        result. If I change to another PC with RedHat I get a different
        result.</div>
    </blockquote>
    <br></div>
    Yep. <a href="http://www.gromacs.org/Documentation/Terminology/Reproducibility" target="_blank">http://www.gromacs.org/Documentation/Terminology/Reproducibility</a><div class="im"><br>
    <br>
    <blockquote type="cite">
      <div> More specifically, I am calculating a deviation from
        experiment, which varies by ~20 % on changing operating systems
        (pretty much the same hardware on both PCs). Is there any way to
        avoid such variations? I guess I am missing something in the mdp
        file, which is: <br>
      </div>
    </blockquote>
    <br></div>
    Change your gen_vel seed and I bet you observe a similar variation
    on the same machine. There are rather few systems that will have
    equilibrated in 2ns, never mind converged.<br><font color="#888888">
    <br>
    Mark</font><div><div></div><div class="h5"><br>
    <br>
    <blockquote type="cite">
      <div><br>
      </div>
      <div>
        <div>cpp                 =  /usr/bin/cpp -traditional</div>
        <div>integrator               = sd</div>
        <div>tinit                    = 0</div>
        <div>dt                       = 0.002</div>
        <div>nsteps                   = 1000000</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>nstcomm                  = 1</div>
        <div>nstcalcenergy            = 1</div>
        <div>nstxout                  = 5</div>
        <div>nstvout                  = 100</div>
        <div>nstlog                   = 100</div>
        <div>nstenergy                = 100</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>nstlist                  =  5</div>
        <div>ns_type                  = grid</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>pbc                      = xyz</div>
        <div>rlist                    = 0.9</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>optimize_fft             = yes</div>
        <div>coulombtype              = pme</div>
        <div>rcoulomb                 = 0.9</div>
        <div>epsilon-r                = 1</div>
        <div>rvdw                     = 0.9</div>
      </div>
      <div><br>
      </div>
      <div>
        <div>constraints              = all-bonds</div>
        <div>constraint-algorithm     = Lincs</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>unconstrained-start      = yes</div>
        <div>lincs-warnangle          = 30</div>
      </div>
      <div>
        <div><br>
        </div>
        <div>tc_grps                  = System</div>
        <div>tau_t                    = 0.1</div>
        <div>ref_t                    = 300.0</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>Pcoupl                   = parrinello-rahman</div>
        <div>tau_p                    = 2</div>
        <div>compressibility         = 4.5e-05</div>
        <div>ref_p                    = 1.0</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>gen_vel                  = yes</div>
        <div>gen_temp                 = 300.0</div>
        <div>gen_seed                 = 173529</div>
        <div><br>
        </div>
        <div><br>
        </div>
      </div>
      <div>Many thanks for your help,</div>
      <div>
        Igor</div>
      <br>
      <fieldset></fieldset>
      <br>
    </blockquote>
    <br>
  </div></div></div>

<br>--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br></blockquote></div><br>