<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
    On 21/11/2011 9:28 PM, archana sonawani wrote:
    <blockquote
cite="mid:CAFV47mgL7bOXTpi49fW_VO87q2RNWg3Pa1g1-W1bX_DmmLECuw@mail.gmail.com"
      type="cite">Dear Sir/madam,
      <div><br>
      </div>
      <div>
        <p class="MsoNormal"><span class="apple-style-span"><span
style="mso-bidi-font-size:12.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#333333;background:white"
              lang="EN-US">I have a ligand molecule for which I
              generated the topology
              file using Prodrg software. As the charges and groupings
              provided by Prodrg are
              not much reliable. I need to assign correct charges and
              groupings for my
              ligand. I had referred the article "Practical
              considerations for building GROMOS-compatible
              small-molecule topologies". I could assign charges and
              groupings for most of the molecule except for the
              heterocyclic structures and sulfur atom in ring. Please
              help me out...Thanks in advance..</span></span></p>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    Welcome to the jungle. :-) Paramterization is an expert topic for a
    reason. You should search the literature to find what approaches
    have been used for such heteroatoms and see what might be applicable
    to your case. Regardless, you will need to demonstrate that your
    parameters do a decent job on some known experimental data before
    they can be supposed to have value for a computational study.<br>
    <br>
    Mark<br>
  </body>
</html>