Dear Gromacs Users!<br><br>I want to simulate folding of small globular protein in water.<br><br>I have linear structure ( with all psi\ phi torsions set to 180 ) of my peptide made in HyperChem as well as NMR structure ( for control ).<br>
<br><br>Could you tell me what specificities of such simmulation should I take into account ? Could I use parametets from Lyzocyme tutorial for NPT NVT and MD simulation?<br>What average length of the run trajectory should be if my peptide<br>
1) is the simple coil?<br><br>2) Has secondary structure- e.g consist of 2 short helicees and one b-sheet<br><br><br>Thanks,<br><br>James<br>