<div dir="ltr"><div>Hi,</div>
<div>I am running simulations using implicit solvent. I am using the pbc = no option in my mdp file, however, I see it the .gro file that gromacs is creating a box for the system.What is the effect of the box in implicit solvent simulations?</div>

<div> </div>
<div>This is the mdp file that I am using:</div>
<div><span lang="EN">
<p>------run.mdp------</p>
<p>integrator = md</p>
<p>nsteps = 20000</p>
<p>dt = 0.001</p>
<p>implicit_solvent = GBSA</p>
<p>pbc = no</p>
<p>nstlist = 0</p>
<p>ns_type = simple</p>
<p>rlist = 0</p>
<p>rgbradii = 0</p>
<p>coulombtype = Cut-off</p>
<p>rcoulomb = 0</p>
<p>vdwtype = Cut-off</p>
<p>rvdw = 0</p>
<p>tcoupl = v-rescale</p>
<p>tc_grps = system</p>
<p>tau_t = 0.1 </p>
<p>ref_t = 1000</p>
<p>energygrps = Protein_chain_A Protein_chain_C Protein_chain_E Protein_chain_G Protein_chain_I Protein_chain_K</p>
<p>gen_vel = yes</p>
<p>gen_temp = 1000</p>
<p>ld_seed = -1</p>
<p>gen_seed = -1</p>
<p>nstxout = 1</p>
<p>nstvout = 1</p>
<p>nstxtcout = 1</p>
<p>nstenergy = 1</p>
<p>------------------</p></span></div>
<div>Thanks,</div>
<div>Ifat</div>
<div> </div>
<div>M.Sc. Student<br>Bar Ilan University<br>Ramat Gan<br>Israel<br></div>
<div> </div></div>