<div dir="ltr">Hi all,<div>I am trying to run a simulation of a protein and ligand system using Gromacs 4.5.3 and CHARMMff. prior to running this system I ran the protein as is with out adding the ligand, and the simulation was fine.</div>
<div>Ligand parametrization was done using the SwissParam server. when trying to run EM I got the following error message:</div><div><div><br></div><div>&quot;Syntax error - File ligand.itp, line 7</div><div>Last line read:</div>
<div>&#39;[ atomtypes ] &#39;</div><div>Invalid order for directive atomtypes&quot;</div><div><br></div><div>Obviously the outputted itp format given by SwissParam is wrong. can anyone direct me as to the changes needed to correct this mistake?</div>
<div><br></div><div>Thanks!</div><div><br></div><div><br></div>-- <br><div dir="rtl"><div dir="ltr"><p>Gideon Lapidoth,</p><p>M.Sc candidate</p><p>Hemi Gutman Biophysics Lab<br></p><p>Department of Biochemistry &amp; Molecular Biology </p>
<p>George S. Wise Faculty of Life Sciences </p><p>Tel Aviv University</p><p>Israel 69978 </p><p><a href="http://ashtoret.tau.ac.il/" target="_blank"></a> </p><p>Tel: (972-3) 640-9824 <br></p><p>       <br></p></div></div>
<br>
</div></div>