<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    On 11/23/11 5:43 PM, sarah k wrote:
    <blockquote
cite="mid:CAA1O8UBCQCePN9YLJKw2edmyWiW9Veo8WZuoo3oZ9_x8610dUA@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <div>Dear Gromacs Users,</div>
      <div>&nbsp;</div>
      <div>I need to simulate two protein structures by Gromacs 5.4.0.
        For protein A, the net charge is zero so I don't add any ions.
        All the commands work properly unitil mdrun of the A_pr.tpr:</div>
      <div>&nbsp;</div>
      <div>mdrun -s A_pr.tpr -o A_pr.trr -c A_b4md.gro -g pr.log -e
        pr.edr&amp;</div>
      <div>==&gt; the error: too many LINCS warnings </div>
    </blockquote>
    Could be a sign something is going wrong with your system. Did you
    do a proper energy minimization?<br>
    Check the gromacs error pages for some more precise indication.<br>
    <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.gromacs.org/Documentation/Errors">http://www.gromacs.org/Documentation/Errors</a><br>
    <blockquote
cite="mid:CAA1O8UBCQCePN9YLJKw2edmyWiW9Veo8WZuoo3oZ9_x8610dUA@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <div>&nbsp;</div>
      <div>For protein B I have to add 4 NA+:</div>
      <div>grompp -f pr.mdp -c B_b4pr.gro -p B.top -o B_pr.tpr</div>
      <div>==&gt; error: 4 atoms are not part of the T-coupling groups.</div>
      <div>&nbsp;</div>
    </blockquote>
    Control the groups of your thermostat in your .mdp file. There
    should be one including the whole system. Check section 7.3.14 of
    the gromacs manual<br>
    <br>
    <blockquote
cite="mid:CAA1O8UBCQCePN9YLJKw2edmyWiW9Veo8WZuoo3oZ9_x8610dUA@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <div>I checked my pr.mdp file. Tcoup is berendsen. </div>
      <div>&nbsp;</div>
      <div>How can I solve these problems?</div>
      <div>&nbsp;</div>
      <div>Best regards,</div>
      <div>Sarah</div>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
    </blockquote>
    <br>
    <br>
    <pre class="moz-signature" cols="72">-- 
Gianluca Santoni,
Institut de Biologie Structurale
41 rue Horowitz
Grenoble
_________________________________________________________
Please avoid sending me Word or PowerPoint attachments.
See <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.gnu.org/philosophy/no-word-attachments.html">http://www.gnu.org/philosophy/no-word-attachments.html</a></pre>
  </body>
</html>