<div>Dear Gromacs Users,</div>
<div> </div>
<div>I need to simulate two protein structures by Gromacs 5.4.0. For protein A, the net charge is zero so I don&#39;t add any ions. All the commands work properly unitil mdrun of the A_pr.tpr:</div>
<div> </div>
<div>mdrun -s A_pr.tpr -o A_pr.trr -c A_b4md.gro -g pr.log -e pr.edr&amp;</div>
<div>==&gt; the error: too many LINCS warnings </div>
<div> </div>
<div>For protein B I have to add 4 NA+:</div>
<div>grompp -f pr.mdp -c B_b4pr.gro -p B.top -o B_pr.tpr</div>
<div>==&gt; error: 4 atoms are not part of the T-coupling groups.</div>
<div> </div>
<div>I checked my pr.mdp file. Tcoup is berendsen. </div>
<div> </div>
<div>How can I solve these problems?</div>
<div> </div>
<div>Best regards,</div>
<div>Sarah</div>