<div>Here is the detailed info about my setup:</div>
<div>System:64-bit Linux</div>
<div>GMX version:4.5.4</div>
<div>I know that windows and linux have different line end format and I didn't edit my text files using editor on windows,but all on linux.</div>
<div>My goal is to simulate membrane protein embeded in lipid bilayer,I don't have experience working with gromacs before,so I followed the tutorial recommended by the official gromacs website:</div>
<div><a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/membrane_protein/index.html">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/membrane_protein/index.html</a></div>
<div>I downloaded the files offered by the tutorial and proceeded and then encountered some problems.</div>
<div>As there is no lipid molecular defenition in gromacs,the tutorial refered me to this link:</div>
<div><a href="http://moose.bio.ucalgary.ca/index.php?page=Structures_and_Topologies">http://moose.bio.ucalgary.ca/index.php?page=Structures_and_Topologies</a></div>
<div>to download the so called "Berger lipids",I did exactly what the tutorial instucted.</div>
<div>When I called pdb2gmx,I found the nomenclature of atoms in "Berger lipids" is not consistent with that of the gromos53a6 forcefield.</div>
<div>I abandoned "Berger lipids" because I found the DPPC lipid model offered by Oxford lipidbook is consistent with gromos53a6 forcefield,then pdb2gmx worked.You can find the lipidbook here:</div>
<div><a href="http://lipidbook.bioch.ox.ac.uk/package/show/id/14.html">http://lipidbook.bioch.ox.ac.uk/package/show/id/14.html</a></div>
<div>After generating the .gro file,I called grompp to generate the .tpr file,and then,grompp throwed the very error message in my original mail.I didn't modify the files generated by the programs I called.</div>
<div>In order to re-generate the error message, I zipped the forcefield files I used, you can find it here:</div>
<div><a href="http://ishare.iask.sina.com.cn/f/21401866.html?w='%20target='_blank'">http://ishare.iask.sina.com.cn/f/21401866.html?w='%20target='_blank'</a></div>