<p>Hi [insert name here],</p>
<p>Try putting an empty gurgle.dat in your working directory to see if that is the problem. If it&#39;s not, can you provide additional information regarding your system and gromacs installation?</p>
<p>Cheers,</p>
<p>Tsjerk</p>
<p><blockquote type="cite">On Nov 24, 2011 5:50 AM, &quot;杨伟&quot; &lt;<a href="mailto:20104227043@suda.edu.cn">20104227043@suda.edu.cn</a>&gt; wrote:<br><br>I was trying to setup a simulation for membrane in DPPC lipid bilayer following this tutorial:<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/membrane_protein/index.html" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/membrane_protein/index.html</a>
<div>I successfully generated the .gro file for the system.But when I tried grompp to generate the .tpr file,I got the error message shown below:
<div>
<div>-------------------------------------------------------</div>
<div>Program grompp, VERSION 4.5.4</div>
<div>Source code file: string2.c, line: 105</div>
<div><br></div>
<div>Fatal error:</div>
<div>An input file contains a line longer than 4095 characters, while the buffer passed to fgets2 has size 4095. The line starts with: &#39;20s&#39;</div>
<div>For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS</div>
<div>website at <a href="http://www.gromacs.org/Documentation/Errors" target="_blank">http://www.gromacs.org/Documentation/Errors</a></div>
<div>-------------------------------------------------------</div></div>
<div>I use strace to trace the sys call of grompp,I have found that grompp opened gurgle.dat,and ended up reading gurgle.dat as text file,while gurgle.dat is a binary file,then grompp throwed the fatal error message.</div>
</div>
<div>What could be the cause of this problem?</div><br>--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br></blockquote></p>