I was trying to setup a simulation for membrane in DPPC lipid bilayer following this tutorial:<br /><a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/membrane_protein/index.html">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/membrane_protein/index.html</a>
<div>I successfully generated the .gro file for the system.But when I tried grompp to generate the .tpr file,I got the error message shown below:
<div>
<div>-------------------------------------------------------</div>
<div>Program grompp, VERSION 4.5.4</div>
<div>Source code file: string2.c, line: 105</div>
<div><br /></div>
<div>Fatal error:</div>
<div>An input file contains a line longer than 4095 characters, while the buffer passed to fgets2 has size 4095. The line starts with: '20s'</div>
<div>For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS</div>
<div>website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors</div>
<div>-------------------------------------------------------</div></div>
<div>I use strace to trace the sys call of grompp,I have found that grompp opened gurgle.dat,and ended up reading gurgle.dat as text file,while gurgle.dat is a binary file,then grompp throwed the fatal error message.</div></div>
<div>What could be the cause of this problem?</div>