<div dir="ltr"><pre>Greeting <br>After doing a gormacs MD simulation and finding Hydrogen bonds,applying Justin script give me the Hbonds occupancy rate,then i have to choose the most representative structure in the simulation and show some of my interesting hydrogen bonds for publication purpose.<br>
Should i consider a reference Hbond existence percentage from which bond between two atoms are significantly existent like for example for a hbond occupancy rate of 10% we can say that this hbond has a good chance to exist in reality an effectively participate in the protein phenomena (movement,structure...) and for another hbond occupancy with 0.7% we can safely ignore it because it will not participate in protein behavior.
Is there such reference value?<br>thanks for responding.<br><br></pre></div>