<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=us-ascii">
<meta name="Generator" content="Microsoft Word 12 (filtered medium)">
<style><!--
/* Font Definitions */
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Tahoma;
        panose-1:2 11 6 4 3 5 4 4 2 4;}
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:11.0pt;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:black;}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:purple;
        text-decoration:underline;}
span.EmailStyle17
        {mso-style-type:personal;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:windowtext;}
span.EmailStyle18
        {mso-style-type:personal-reply;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:#1F497D;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;
        font-size:10.0pt;}
@page WordSection1
        {size:8.5in 11.0in;
        margin:1.0in 1.0in 1.0in 1.0in;}
div.WordSection1
        {page:WordSection1;}
--></style><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapelayout v:ext="edit">
<o:idmap v:ext="edit" data="1" />
</o:shapelayout></xml><![endif]-->
</head>
<body bgcolor="white" lang="EN-US" link="blue" vlink="purple">
<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">Dear Mark, <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">Many thanks for taking the time to answer my question.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">I&#8217;ve had a look at the link. However, as the g_helixorient output files are a little &#8220;unconventional-looking&#8221;, I am not sure if gnuplot could handle them.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">This is how my bending.xvg file looks like when I view it on my linux terminal<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.5414686203&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13.9671831131&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.49754190445&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.83397710323&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.68<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">052530289&nbsp;&nbsp; 0.683569073677&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.43345403671&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8.25963497162&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.08707904816&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13.3334512711&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7.34296607971&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.19187068<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">939&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.44664645195&nbsp;&nbsp; 0.202708780766&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.66099739075&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10.3064308167&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.37143564224&nbsp;&nbsp; 0.971765637398&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.6073293686<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">81.1007080078&nbsp;&nbsp;&nbsp; 66.1958847046&nbsp;&nbsp;&nbsp; 28.0650749207&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.9960222244&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16.3757514954&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;0<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">&nbsp; 100.000007629&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.19846844673&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.11483025551&nbsp;&nbsp; 0.664996445179&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.77089393139&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.45<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">826148987&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.11829614639&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.50709962845&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.90959501266&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.06375169754&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9.80808544159&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.7944087982&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.6745197<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">773&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.58594942093&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.63769423962&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.60466551781&nbsp;&nbsp; 0.494560062885&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.87983322144&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.39179229736&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17.8020935059<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">89.3860473633&nbsp;&nbsp;&nbsp; 78.2087173462&nbsp;&nbsp;&nbsp; 22.6202278137&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7.18984699249&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.18211603165&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">&nbsp; 200.000015259&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11.4898967743&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.8035535812&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11.0557250977&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.95649862289&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.58<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">447694778&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8.45914077759&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.94662857056&nbsp;&nbsp; 0.607162833214&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.6271879673&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8.9500579834&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.29822874069&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7.87417221<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">069&nbsp;&nbsp; 0.892409682274&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7.41711711884&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.01197814941&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7.29352807999&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.83971619606&nbsp;&nbsp; 0.767958164215&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.4690599442<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">87.5663528442&nbsp;&nbsp;&nbsp; 73.4160614014&nbsp;&nbsp;&nbsp; 24.1331748962&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8.33314704895&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.42648363113&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 300&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.7444248199&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11.3533630371&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6.02183914185&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.64138007164&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.24<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">458372593&nbsp;&nbsp; 0.375344187021&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.73659491539&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.94989299774&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.81749725342&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16.2174777985&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8.22213363647&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.51266765<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">594&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.29477596283&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7.25417470932&nbsp; &nbsp;&nbsp;12.5503282547&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.51523017883&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.4407377243&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9.50404548645&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17.9626598358&#8230; &#8230; &#8230;<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">I have played with other options too e.g. axis.dat, center.dat, radius.xvg, rise.xvg, rot.xvg etc. they all look like the above.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">Any help is very much appreciated.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">Thanks again,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">Huiwen<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in">
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Tahoma&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:windowtext">From:</span></b><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Tahoma&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:windowtext"> gmx-users-bounces@gromacs.org [mailto:gmx-users-bounces@gromacs.org]
<b>On Behalf Of </b>Mark Abraham<br>
<b>Sent:</b> Thursday, November 24, 2011 10:39 AM<br>
<b>To:</b> Discussion list for GROMACS users<br>
<b>Subject:</b> Re: [gmx-users] Visualizing g_helixorient output<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">On 23/11/2011 8:59 PM, NG HUI WEN wrote: <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Dear all,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">&nbsp;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">I have a follow up question from this recent post <a href="http://www.mail-archive.com/gmx-users@gromacs.org/msg45736.html">
http://www.mail-archive.com/gmx-users@gromacs.org/msg45736.html</a> regarding the visualization of g_helixorient output.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">&nbsp;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">According to the post, one needs to use xmgrace with &#8211;nxy to view the data properly. I have not got the xmgrace program installed and am just wondering if one could use programs like gnuplot (with some special commands perhaps) instead?<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">&nbsp;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;font-family:&quot;Times New Roman&quot;,&quot;serif&quot;"><br>
Yes, you will be able to generate a plot. See <a href="http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Graphing_Data">
http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Graphing_Data</a><br>
<br>
Mark<o:p></o:p></span></p>
</div>
 <<
<p><font face="Arial" size="2">
This message and any attachment are intended solely for the addressee and may contain confidential information. If you have received this message in error, please send it back to me, and immediately delete it. Please do not use, copy or disclose the information contained in this message or in any attachment. Any views or opinions expressed by the author of this email do not necessarily reflect the views of the University of Nottingham. 
<br><br>This message has been checked for viruses but the contents of an attachment may still contain software viruses which could damage your computer system: you are advised to perform your own checks. Email communications with the University of Nottingham may be monitored as permitted by UK & Malaysia legislation.</font></p> >>
</body>
</html>