Dear gmx_users,<br><br>I am working on lipid/drug molecule system. <br>I could make the ligand topology by PRODRG and get DMPC.itp from <a href="http://moose.bio.ucalgary.ca/index.php?page=Structures_and_Topologies">http://moose.bio.ucalgary.ca/index.php?page=Structures_and_Topologies</a>.<br>
<br>To add ligand molecule I first changed its coordinate by:<br>editconf -f drg.gro -o drg_newbox.gro -c -box  6.17600   6.17600   5.50000<br><br>then add drg_newbox.gro to my bilayer by:<br>cat drg_newbox.gro dmpc_whole.gro &gt; system.gro<br>
<br>How can I add 6 ligand molecules in lipid bilayer symmetrically at each side of membrane?  <br>

What is gromacs command to add molecules in bilayer (except editconf)?<br><br>Thanks a lot in advance.<br>Parto<br>