<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
    On 27/11/2011 5:07 AM, Igor Druz wrote:
    <blockquote
cite="mid:CAPEHq6_oa1B-KCaBmNDtmMQ32Vx2-omduNr9D=_YSib332n-aw@mail.gmail.com"
      type="cite">On Sat, Nov 26, 2011 at 5:35 PM, <span dir="ltr">&lt;<a
          moz-do-not-send="true" href="mailto:chris.neale@utoronto.ca">chris.neale@utoronto.ca</a>&gt;</span>
      wrote<br>
      <div class="gmail_quote">
        <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0
          .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
          1. why repeat the calculations? If you're talking about
          simulations then there is no need to repeat them due to this.
          You will get different answers with the same starting
          coordinates if you simply change the initial velocities. If
          you're talking about instantaneous energy calculations then I
          suppose you might need to redo it, but they should be very
          quick, right?<br>
          <br>
        </blockquote>
        <div><br>
        </div>
        <div>The calculations must be repeated. You are making
          irrelevant assumptions without knowing what the calculations
          are for.</div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    You asserted that there should have been a warning without
    explaining why this loss of precision was material. Chris knew that
    many uses of pdb2gmx change the atomic configuration considerably,
    e.g. new hydrogen positions, building termini, etc. so that any
    change of precision of coordinates is not a big deal, and even less
    important once a simulation has run afterwards. If you want to
    engage in constructive dialogue, please explain why the loss of
    precision was material, in order to clarify the reason for your
    request for a warning message. If you wish to blow off steam, please
    do it elsewhere.<br>
    <br>
    <blockquote
cite="mid:CAPEHq6_oa1B-KCaBmNDtmMQ32Vx2-omduNr9D=_YSib332n-aw@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <div class="gmail_quote">
        <div>&nbsp;</div>
        <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0
          .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
          2. The .gro files do not carry useless zeroes. you have it
          backwards... the gro files end up with fewer digits.<br>
          <br>
        </blockquote>
        <div><br>
        </div>
        <div>0.417 or 4.172. Shall I continue? I know which one I
          prefer.</div>
        <div>&nbsp;</div>
        <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0
          .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
          3. it's a little annoying to find out that you already knew
          the answer. Why not state that at the outset? Unless I
          misunderstand this point, this will mark the end of my
          comments since holding back information on purpose just wastes
          people's time.<br>
          <br>
        </blockquote>
        <div><br>
        </div>
        <div>Check my 1st e-mail, please. It is NOT asking for
          clarification. It is requesting an explicit warning message.</div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    There's nothing to warn about. You thought that "switching from
    Angstrom to nanometers" was significant somehow, and then assumed
    that different file formats would definitely contain identical
    information, and didn't check their contents.<br>
    <br>
    Mark<br>
    <br>
    <blockquote
cite="mid:CAPEHq6_oa1B-KCaBmNDtmMQ32Vx2-omduNr9D=_YSib332n-aw@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <div class="gmail_quote">
        <div>&nbsp;</div>
        <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0
          .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
          Chris.<br>
          <br>
          -- original message --<br>
          <br>
          I already knew the reason. But I had to find this out hard
          way. Now facing<br>
          a dreading prospect of repeating tons of calculations! &nbsp;Hence
          the request<br>
          for the "bad for the health" sign. Btw, gromacs issues a lot
          of warnings,<br>
          but not this one :D<br>
          <br>
          What a bright idea to switch from angstroms to nanometers! Now
          the gro<br>
          files carry a lot of useless zeros.<span class="HOEnZb"><font
              color="#888888"><br>
              <br>
              <br>
              -- <br>
              gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a moz-do-not-send="true"
                href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
              <a moz-do-not-send="true"
                href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users"
                target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
              Please search the archive at <a moz-do-not-send="true"
                href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search"
                target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a>
              before posting!<br>
              Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use
              thewww interface or send it to <a moz-do-not-send="true"
                href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org"
                target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
              Can't post? Read <a moz-do-not-send="true"
                href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists"
                target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
            </font></span></blockquote>
      </div>
      <br>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>