Hi all,<div><br></div><div>I am simulating a self-assembled monolayer of alkanethiols under the influence of a 12-3 surface potential. I have been trying to implement this potential function using the &quot;walls&quot; and &quot;tables&quot; features of GROMACS. There are four atom types in my system: CH3, CH2, S, and wall0. The following three interaction types - CH3 + wall0, CH2 + wall0, and S + wall0 - are governed by tables that I provided. All other interaction types are taken care of by a default table.xvg file (which corresponds to a standard LJ potential). My production runs are crashing, and I&#39;m really not sure why, although my first guess is that it might have something to do with the wall_r_linpot value. I&#39;m also not sure why the log file has the following two entries: </div>
<div>   wall_atomtype[0]     = 3</div><div>   wall_atomtype[1]     = -1</div><div>when my input .mdp file said wall_atomtype = wall0. </div><div><br></div><div>The log file is shown in full below. Any advice would be greatly appreciated. </div>
<div><br></div><div>Thanks so much!</div><div>Olivia</div><div><br></div><div><br></div><div><div>Input Parameters:</div><div>   integrator           = md</div><div>   nsteps               = 500000</div><div>   init_step            = 0</div>
<div>   ns_type              = Grid</div><div>   nstlist              = 5</div><div>   ndelta               = 2</div><div>   nstcomm              = 10</div><div>   comm_mode            = Linear</div><div>   nstlog               = 1000</div>
<div>   nstxout              = 1000</div><div>   nstvout              = 1000</div><div>   nstfout              = 0</div><div>   nstcalcenergy        = 5</div><div>   nstenergy            = 1000</div><div>   nstxtcout            = 1000</div>
<div>   init_t               = 0</div><div>   delta_t              = 0.002</div><div>   xtcprec              = 1000</div><div>   nkx                  = 0</div><div>   nky                  = 0</div><div>   nkz                  = 0</div>
<div>   pme_order            = 4</div><div>   ewald_rtol           = 1e-05</div><div>   ewald_geometry       = 0</div><div>   epsilon_surface      = 0</div><div>   optimize_fft         = FALSE</div><div>   ePBC                 = xy</div>
<div>   bPeriodicMols        = FALSE</div><div>   bContinuation        = TRUE</div><div>   bShakeSOR            = FALSE</div><div>   etc                  = V-rescale</div><div>   nsttcouple           = 5</div><div>   epc                  = No</div>
<div>   epctype              = Isotropic</div><div>   nstpcouple           = -1</div><div>   tau_p                = 2</div><div>   ref_p (3x3):</div><div>      ref_p[    0]={ 0.00000e+00,  0.00000e+00,  0.00000e+00}</div>
<div>      ref_p[    1]={ 0.00000e+00,  0.00000e+00,  0.00000e+00}</div><div>      ref_p[    2]={ 0.00000e+00,  0.00000e+00,  0.00000e+00}</div><div>   compress (3x3):</div><div>      compress[    0]={ 0.00000e+00,  0.00000e+00,  0.00000e+00}</div>
<div>      compress[    1]={ 0.00000e+00,  0.00000e+00,  0.00000e+00}</div><div>      compress[    2]={ 0.00000e+00,  0.00000e+00,  0.00000e+00}</div><div>   refcoord_scaling     = No</div><div>   posres_com (3):</div><div>
      posres_com[0]= 0.00000e+00</div><div>      posres_com[1]= 0.00000e+00</div><div>      posres_com[2]= 0.00000e+00</div><div>   posres_comB (3):</div><div>      posres_comB[0]= 0.00000e+00</div><div>      posres_comB[1]= 0.00000e+00</div>
<div>      posres_comB[2]= 0.00000e+00</div><div>   andersen_seed        = 815131</div><div>   rlist                = 1</div><div>   rlistlong            = 1</div><div>   rtpi                 = 0.05</div><div>   coulombtype          = Cut-off</div>
<div>   rcoulomb_switch      = 0</div><div>   rcoulomb             = 1</div><div>   vdwtype              = User</div><div>   rvdw_switch          = 0</div><div>   rvdw                 = 1</div><div>   epsilon_r            = 1</div>
<div>   epsilon_rf           = 1</div><div>   tabext               = 2</div><div>   implicit_solvent     = No</div><div>   gb_algorithm         = Still</div><div>   gb_epsilon_solvent   = 80</div><div>   nstgbradii           = 1</div>
<div>   rgbradii             = 1</div><div>   gb_saltconc          = 0</div><div>   gb_obc_alpha         = 1</div><div>   gb_obc_beta          = 0.8</div><div>   gb_obc_gamma         = 4.85</div><div>   gb_dielectric_offset = 0.009</div>
<div>   sa_algorithm         = Ace-approximation</div><div>   sa_surface_tension   = 2.05016</div><div>   DispCorr             = No</div><div>   free_energy          = no</div><div>   init_lambda          = 0</div><div>   delta_lambda         = 0</div>
<div>   n_foreign_lambda     = 0</div><div>   sc_alpha             = 0</div><div>   sc_power             = 0</div><div>   sc_sigma             = 0.3</div><div>   sc_sigma_min         = 0.3</div><div>   nstdhdl              = 10</div>
<div>   separate_dhdl_file   = yes</div><div>   dhdl_derivatives     = yes</div><div>   dh_hist_size         = 0</div><div>   dh_hist_spacing      = 0.1</div><div>   nwall                = 1</div><div>   wall_type            = table</div>
<div>   wall_atomtype[0]     = 3</div><div>   wall_atomtype[1]     = -1</div><div>   wall_density[0]      = 0</div><div>   wall_density[1]      = 0</div><div>   wall_ewald_zfac      = 3</div><div>   pull                 = no</div>
<div>   disre                = No</div><div>   disre_weighting      = Conservative</div><div>   disre_mixed          = FALSE</div><div>   dr_fc                = 1000</div><div>   dr_tau               = 0</div><div>   nstdisreout          = 100</div>
<div>   orires_fc            = 0</div><div>   orires_tau           = 0</div><div>   nstorireout          = 100</div><div>   dihre-fc             = 1000</div><div>   em_stepsize          = 0.01</div><div>   em_tol               = 10</div>
<div>   niter                = 20</div><div>   fc_stepsize          = 0</div><div>   nstcgsteep           = 1000</div><div>   nbfgscorr            = 10</div><div>   ConstAlg             = Lincs</div><div>   shake_tol            = 0.0001</div>
<div>   lincs_order          = 4</div><div>   lincs_warnangle      = 30</div><div>   lincs_iter           = 1</div><div>   bd_fric              = 0</div><div>   ld_seed              = 1993</div><div>   cos_accel            = 0</div>
<div>   deform (3x3):</div><div>      deform[    0]={ 0.00000e+00,  0.00000e+00,  0.00000e+00}</div><div>      deform[    1]={ 0.00000e+00,  0.00000e+00,  0.00000e+00}</div><div>      deform[    2]={ 0.00000e+00,  0.00000e+00,  0.00000e+00}</div>
<div>   userint1             = 0</div><div>   userint2             = 0</div><div> userint3             = 0</div><div>   userint4             = 0</div><div>   userreal1            = 0</div><div>   userreal2            = 0</div>
<div>   userreal3            = 0</div><div>   userreal4            = 0</div><div>grpopts:</div><div>   nrdf:         334</div><div>   ref_t:         300</div><div>   tau_t:         0.1</div><div>anneal:          No</div><div>
ann_npoints:           0</div><div>   acc:            0           0           0</div><div>   nfreeze:           N           N           N</div><div>   energygrp_flags[  0]: 0 0 0 2</div><div>   energygrp_flags[  1]: 0 0 0 2</div>
<div>   energygrp_flags[  2]: 0 0 0 2</div><div>   energygrp_flags[  3]: 2 2 2 0</div><div>   efield-x:</div><div>      n = 0</div><div>   efield-xt:</div><div>      n = 0</div><div>   efield-y:</div><div>      n = 0</div>
<div>   efield-yt:</div><div>      n = 0</div><div>   efield-z:</div><div>      n = 0</div><div>   efield-zt:</div><div>      n = 0</div><div>   bQMMM                = FALSE</div><div>   QMconstraints        = 0</div><div>
   QMMMscheme           = 0</div><div>   scalefactor          = 1</div><div>qm_opts:</div><div>   ngQM                 = 0</div><div>Table routines are used for coulomb: FALSE</div><div>Table routines are used for vdw:     TRUE</div>
<div>Cut-off&#39;s:   NS: 1   Coulomb: 1   LJ: 1</div><div>System total charge: 0.000</div><div>Read user tables from table.xvg with 1501 data points.</div><div>Tabscale = 500 points/nm</div><div>Generated table with 1500 data points for COUL.</div>
<div>Tabscale = 500 points/nm</div><div>Tabscale = 500 points/nm</div><div>Read user tables from table.xvg with 1501 data points.</div><div>Tabscale = 500 points/nm</div><div>Generated table with 1501 data points for 1-4 COUL.</div>
<div>Tabscale = 500 points/nm</div><div>Reading user tables for 3 energy groups with 1 walls</div><div>Read user tables from table_CH3_wall0.xvg with 1501 data points.</div><div>Tabscale = 500 points/nm</div><div>Read user tables from table_CH2_wall0.xvg with 1501 data points.</div>
<div>Tabscale = 500 points/nm</div><div>Read user tables from table_S_wall0.xvg with 1501 data points.</div><div>Tabscale = 500 points/nm</div><div>Configuring nonbonded kernels...</div><div>Configuring standard C nonbonded kernels...</div>
<div>Testing x86_64 SSE2 support... present.</div><div><br></div><div><br></div><div>Initializing LINear Constraint Solver</div><div><br></div><div><br></div><div>Started mdrun on node 0 Mon Nov 28 12:02:18 2011</div><div>
<br></div><div>           Step           Time         Lambda</div><div>              0        0.00000        0.00000</div><div><br></div><div>Grid: 5 x 5 x 2 cells</div><div>   Energies (kJ/mol)</div><div>          Angle Ryckaert-Bell.          LJ-14     Coulomb-14        LJ (SR)</div>
<div>    2.63312e+01    7.62753e-01   -2.88371e+03    0.00000e+00    1.63323e+06</div><div>   Coulomb (SR)      Potential    Kinetic En.   Total Energy  Conserved En.</div><div>    0.00000e+00    1.63037e+06    1.85700e+08    1.87331e+08    1.87331e+08</div>
<div>    Temperature Pressure (bar)   Constr. rmsd</div><div>    1.33739e+08    0.00000e+00    7.48703e+00</div></div><div><br></div><div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div>Olivia Waring (王维娅)</div>
<div>Princeton University &#39;12</div>
<div>AB Chemistry</div><br>
</div>