Hi all,<div><br></div><div>I am simulating a self-assembled monolayer of alkanethiols under the influence of a 12-3 surface potential. I have been trying to implement this potential function using the &quot;walls&quot; and &quot;tables&quot; features of GROMACS. There are four atom types in my system: CH3, CH2, S, and wall0. The following three interaction types - CH3 + wall0, CH2 + wall0, and S + wall0 - are governed by tables that I provided. All other interaction types are taken care of by a default table.xvg file (which corresponds to a standard LJ potential). My production runs are crashing, and I&#39;m really not sure why, although my first guess is that it might have something to do with the wall_r_linpot value. I&#39;m also not sure why the log file has the following two entries: </div>
<div>  Â wall_atomtype[0] Â  Â  = 3</div><div>  Â wall_atomtype[1] Â  Â  = -1</div><div>when my input .mdp file said wall_atomtype = wall0. </div><div><br></div><div>The log file is shown in full below. Any advice would be greatly appreciated. </div>
<div><br></div><div>Thanks so much!</div><div>Olivia</div><div><br></div><div><br></div><div><div>Input Parameters:</div><div>  Â integrator Â  Â  Â  Â  Â  = md</div><div>  Â nsteps Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  = 500000</div><div>  Â init_step Â  Â  Â  Â  Â  Â = 0</div>
<div>  Â ns_type Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â = Grid</div><div>  Â nstlist Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â = 5</div><div>  Â ndelta Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  = 2</div><div>  Â nstcomm Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â = 10</div><div>  Â comm_mode Â  Â  Â  Â  Â  Â = Linear</div><div>  Â nstlog Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  = 1000</div>
<div>  Â nstxout Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â = 1000</div><div>  Â nstvout Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â = 1000</div><div>  Â nstfout Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â = 0</div><div>  Â nstcalcenergy Â  Â  Â  Â = 5</div><div>  Â nstenergy Â  Â  Â  Â  Â  Â = 1000</div><div>  Â nstxtcout Â  Â  Â  Â  Â  Â = 1000</div>
<div>  Â init_t Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  = 0</div><div>  Â delta_t Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â = 0.002</div><div>  Â xtcprec Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â = 1000</div><div>  Â nkx Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â = 0</div><div>  Â nky Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â = 0</div><div>  Â nkz Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â = 0</div>
<div>  Â pme_order Â  Â  Â  Â  Â  Â = 4</div><div>  Â ewald_rtol Â  Â  Â  Â  Â  = 1e-05</div><div>  Â ewald_geometry Â  Â  Â  = 0</div><div>  Â epsilon_surface Â  Â  Â = 0</div><div>  Â optimize_fft Â  Â  Â  Â  = FALSE</div><div>  Â ePBC Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  = xy</div>
<div>  Â bPeriodicMols Â  Â  Â  Â = FALSE</div><div>  Â bContinuation Â  Â  Â  Â = TRUE</div><div>  Â bShakeSOR Â  Â  Â  Â  Â  Â = FALSE</div><div>  Â etc Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â = V-rescale</div><div>  Â nsttcouple Â  Â  Â  Â  Â  = 5</div><div>  Â epc Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â = No</div>
<div>  Â epctype Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â = Isotropic</div><div>  Â nstpcouple Â  Â  Â  Â  Â  = -1</div><div>  Â tau_p Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â = 2</div><div>  Â ref_p (3x3):</div><div>  Â  Â  ref_p[ Â  Â 0]={ 0.00000e+00, Â 0.00000e+00, Â 0.00000e+00}</div>
<div>  Â  Â  ref_p[ Â  Â 1]={ 0.00000e+00, Â 0.00000e+00, Â 0.00000e+00}</div><div>  Â  Â  ref_p[ Â  Â 2]={ 0.00000e+00, Â 0.00000e+00, Â 0.00000e+00}</div><div>  Â compress (3x3):</div><div>  Â  Â  compress[ Â  Â 0]={ 0.00000e+00, Â 0.00000e+00, Â 0.00000e+00}</div>
<div>  Â  Â  compress[ Â  Â 1]={ 0.00000e+00, Â 0.00000e+00, Â 0.00000e+00}</div><div>  Â  Â  compress[ Â  Â 2]={ 0.00000e+00, Â 0.00000e+00, Â 0.00000e+00}</div><div>  Â refcoord_scaling Â  Â  = No</div><div>  Â posres_com (3):</div><div>
  Â  Â  posres_com[0]= 0.00000e+00</div><div>  Â  Â  posres_com[1]= 0.00000e+00</div><div>  Â  Â  posres_com[2]= 0.00000e+00</div><div>  Â posres_comB (3):</div><div>  Â  Â  posres_comB[0]= 0.00000e+00</div><div>  Â  Â  posres_comB[1]= 0.00000e+00</div>
<div>  Â  Â  posres_comB[2]= 0.00000e+00</div><div>  Â andersen_seed Â  Â  Â  Â = 815131</div><div>  Â rlist Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â = 1</div><div>  Â rlistlong Â  Â  Â  Â  Â  Â = 1</div><div>  Â rtpi Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  = 0.05</div><div>  Â coulombtype Â  Â  Â  Â  Â = Cut-off</div>
<div>  Â rcoulomb_switch Â  Â  Â = 0</div><div>  Â rcoulomb Â  Â  Â  Â  Â  Â  = 1</div><div>  Â vdwtype Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â = User</div><div>  Â rvdw_switch Â  Â  Â  Â  Â = 0</div><div>  Â rvdw Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  = 1</div><div>  Â epsilon_r Â  Â  Â  Â  Â  Â = 1</div>
<div>  Â epsilon_rf Â  Â  Â  Â  Â  = 1</div><div>  Â tabext Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  = 2</div><div>  Â implicit_solvent Â  Â  = No</div><div>  Â gb_algorithm Â  Â  Â  Â  = Still</div><div>  Â gb_epsilon_solvent Â  = 80</div><div>  Â nstgbradii Â  Â  Â  Â  Â  = 1</div>
<div>  Â rgbradii Â  Â  Â  Â  Â  Â  = 1</div><div>  Â gb_saltconc Â  Â  Â  Â  Â = 0</div><div>  Â gb_obc_alpha Â  Â  Â  Â  = 1</div><div>  Â gb_obc_beta Â  Â  Â  Â  Â = 0.8</div><div>  Â gb_obc_gamma Â  Â  Â  Â  = 4.85</div><div>  Â gb_dielectric_offset = 0.009</div>
<div>  Â sa_algorithm Â  Â  Â  Â  = Ace-approximation</div><div>  Â sa_surface_tension Â  = 2.05016</div><div>  Â DispCorr Â  Â  Â  Â  Â  Â  = No</div><div>  Â free_energy Â  Â  Â  Â  Â = no</div><div>  Â init_lambda Â  Â  Â  Â  Â = 0</div><div>  Â delta_lambda Â  Â  Â  Â  = 0</div>
<div>  Â n_foreign_lambda Â  Â  = 0</div><div>  Â sc_alpha Â  Â  Â  Â  Â  Â  = 0</div><div>  Â sc_power Â  Â  Â  Â  Â  Â  = 0</div><div>  Â sc_sigma Â  Â  Â  Â  Â  Â  = 0.3</div><div>  Â sc_sigma_min Â  Â  Â  Â  = 0.3</div><div>  Â nstdhdl Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â = 10</div>
<div>  Â separate_dhdl_file Â  = yes</div><div>  Â dhdl_derivatives Â  Â  = yes</div><div>  Â dh_hist_size Â  Â  Â  Â  = 0</div><div>  Â dh_hist_spacing Â  Â  Â = 0.1</div><div>  Â nwall Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â = 1</div><div>  Â wall_type Â  Â  Â  Â  Â  Â = table</div>
<div>  Â wall_atomtype[0] Â  Â  = 3</div><div>  Â wall_atomtype[1] Â  Â  = -1</div><div>  Â wall_density[0] Â  Â  Â = 0</div><div>  Â wall_density[1] Â  Â  Â = 0</div><div>  Â wall_ewald_zfac Â  Â  Â = 3</div><div>  Â pull Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  = no</div>
<div>  Â disre Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â = No</div><div>  Â disre_weighting Â  Â  Â = Conservative</div><div>  Â disre_mixed Â  Â  Â  Â  Â = FALSE</div><div>  Â dr_fc Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â = 1000</div><div>  Â dr_tau Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  = 0</div><div>  Â nstdisreout Â  Â  Â  Â  Â = 100</div>
<div>  Â orires_fc Â  Â  Â  Â  Â  Â = 0</div><div>  Â orires_tau Â  Â  Â  Â  Â  = 0</div><div>  Â nstorireout Â  Â  Â  Â  Â = 100</div><div>  Â dihre-fc Â  Â  Â  Â  Â  Â  = 1000</div><div>  Â em_stepsize Â  Â  Â  Â  Â = 0.01</div><div>  Â em_tol Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  = 10</div>
<div>  Â niter Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â = 20</div><div>  Â fc_stepsize Â  Â  Â  Â  Â = 0</div><div>  Â nstcgsteep Â  Â  Â  Â  Â  = 1000</div><div>  Â nbfgscorr Â  Â  Â  Â  Â  Â = 10</div><div>  Â ConstAlg Â  Â  Â  Â  Â  Â  = Lincs</div><div>  Â shake_tol Â  Â  Â  Â  Â  Â = 0.0001</div>
<div>  Â lincs_order Â  Â  Â  Â  Â = 4</div><div>  Â lincs_warnangle Â  Â  Â = 30</div><div>  Â lincs_iter Â  Â  Â  Â  Â  = 1</div><div>  Â bd_fric Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â = 0</div><div>  Â ld_seed Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â = 1993</div><div>  Â cos_accel Â  Â  Â  Â  Â  Â = 0</div>
<div>  Â deform (3x3):</div><div>  Â  Â  deform[ Â  Â 0]={ 0.00000e+00, Â 0.00000e+00, Â 0.00000e+00}</div><div>  Â  Â  deform[ Â  Â 1]={ 0.00000e+00, Â 0.00000e+00, Â 0.00000e+00}</div><div>  Â  Â  deform[ Â  Â 2]={ 0.00000e+00, Â 0.00000e+00, Â 0.00000e+00}</div>
<div>  Â userint1 Â  Â  Â  Â  Â  Â  = 0</div><div>  Â userint2 Â  Â  Â  Â  Â  Â  = 0</div><div> userint3 Â  Â  Â  Â  Â  Â  = 0</div><div>  Â userint4 Â  Â  Â  Â  Â  Â  = 0</div><div>  Â userreal1 Â  Â  Â  Â  Â  Â = 0</div><div>  Â userreal2 Â  Â  Â  Â  Â  Â = 0</div>
<div>  Â userreal3 Â  Â  Â  Â  Â  Â = 0</div><div>  Â userreal4 Â  Â  Â  Â  Â  Â = 0</div><div>grpopts:</div><div>  Â nrdf: Â  Â  Â  Â  334</div><div>  Â ref_t: Â  Â  Â  Â  300</div><div>  Â tau_t: Â  Â  Â  Â  0.1</div><div>anneal: Â  Â  Â  Â  Â No</div><div>
ann_npoints: Â  Â  Â  Â  Â  0</div><div>  Â acc: Â  Â  Â  Â  Â  Â 0 Â  Â  Â  Â  Â  0 Â  Â  Â  Â  Â  0</div><div>  Â nfreeze: Â  Â  Â  Â  Â  N Â  Â  Â  Â  Â  N Â  Â  Â  Â  Â  N</div><div>  Â energygrp_flags[ Â 0]: 0 0 0 2</div><div>  Â energygrp_flags[ Â 1]: 0 0 0 2</div>
<div>  Â energygrp_flags[ Â 2]: 0 0 0 2</div><div>  Â energygrp_flags[ Â 3]: 2 2 2 0</div><div>  Â efield-x:</div><div>  Â  Â  n = 0</div><div>  Â efield-xt:</div><div>  Â  Â  n = 0</div><div>  Â efield-y:</div><div>  Â  Â  n = 0</div>
<div>  Â efield-yt:</div><div>  Â  Â  n = 0</div><div>  Â efield-z:</div><div>  Â  Â  n = 0</div><div>  Â efield-zt:</div><div>  Â  Â  n = 0</div><div>  Â bQMMM Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â = FALSE</div><div>  Â QMconstraints Â  Â  Â  Â = 0</div><div>
  Â QMMMscheme Â  Â  Â  Â  Â  = 0</div><div>  Â scalefactor Â  Â  Â  Â  Â = 1</div><div>qm_opts:</div><div>  Â ngQM Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  = 0</div><div>Table routines are used for coulomb: FALSE</div><div>Table routines are used for vdw: Â  Â  TRUE</div>
<div>Cut-off&#39;s: Â  NS: 1 Â  Coulomb: 1 Â  LJ: 1</div><div>System total charge: 0.000</div><div>Read user tables from table.xvg with 1501 data points.</div><div>Tabscale = 500 points/nm</div><div>Generated table with 1500 data points for COUL.</div>
<div>Tabscale = 500 points/nm</div><div>Tabscale = 500 points/nm</div><div>Read user tables from table.xvg with 1501 data points.</div><div>Tabscale = 500 points/nm</div><div>Generated table with 1501 data points for 1-4 COUL.</div>
<div>Tabscale = 500 points/nm</div><div>Reading user tables for 3 energy groups with 1 walls</div><div>Read user tables from table_CH3_wall0.xvg with 1501 data points.</div><div>Tabscale = 500 points/nm</div><div>Read user tables from table_CH2_wall0.xvg with 1501 data points.</div>
<div>Tabscale = 500 points/nm</div><div>Read user tables from table_S_wall0.xvg with 1501 data points.</div><div>Tabscale = 500 points/nm</div><div>Configuring nonbonded kernels...</div><div>Configuring standard C nonbonded kernels...</div>
<div>Testing x86_64 SSE2 support... present.</div><div><br></div><div><br></div><div>Initializing LINear Constraint Solver</div><div><br></div><div><br></div><div>Started mdrun on node 0 Mon Nov 28 12:02:18 2011</div><div>
<br></div><div>  Â  Â  Â  Â  Â Step Â  Â  Â  Â  Â  Time Â  Â  Â  Â  Lambda</div><div>  Â  Â  Â  Â  Â  Â  0 Â  Â  Â  Â 0.00000 Â  Â  Â  Â 0.00000</div><div><br></div><div>Grid: 5 x 5 x 2 cells</div><div>  Â Energies (kJ/mol)</div><div>  Â  Â  Â  Â  Angle Ryckaert-Bell. Â  Â  Â  Â  Â LJ-14 Â  Â  Coulomb-14 Â  Â  Â  Â LJ (SR)</div>
<div>  Â  2.63312e+01 Â  Â 7.62753e-01 Â  -2.88371e+03 Â  Â 0.00000e+00 Â  Â 1.63323e+06</div><div>  Â Coulomb (SR) Â  Â  Â Potential Â  Â Kinetic En. Â  Total Energy Â Conserved En.</div><div>  Â  0.00000e+00 Â  Â 1.63037e+06 Â  Â 1.85700e+08 Â  Â 1.87331e+08 Â  Â 1.87331e+08</div>
<div>  Â  Temperature Pressure (bar) Â  Constr. rmsd</div><div>  Â  1.33739e+08 Â  Â 0.00000e+00 Â  Â 7.48703e+00</div></div><div><br></div><div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div>Olivia Waring (王维娅)</div>
<div>Princeton University &#39;12</div>
<div>AB Chemistry</div><br>
</div>