<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">I think by running pdb2gmx you can get .itp file.<BR><BR>Yeping Sun<BR>CAS Key Laboratory of Pathogenic Microbiology &amp; Immunology<BR>INSTITUTE OF MICROBIOLOGY CHINESE ACADEMY OF SCIENCES <BR>NO.1 Beichen West Road,Chaoyang District,Beijing 100101,china<BR><BR>--- <B>11年11月28日,周一, David van der Spoel <I>&lt;spoel@xray.bmc.uu.se&gt;</I></B> 写道:<BR>
<BLOCKQUOTE style="BORDER-LEFT: rgb(16,16,255) 2px solid; PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px"><BR>发件人: David van der Spoel &lt;spoel@xray.bmc.uu.se&gt;<BR>主题: Re: [gmx-users] .top to .itp file conversion<BR>收件人: "Discussion list for GROMACS users" &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<BR>日期: 2011年11月28日,周一,下午4:22<BR><BR>
<DIV class=plainMail>On 2011-11-28 09:20, neeru sharma wrote:<BR>&gt; Dear gromacs users,<BR>&gt;<BR>&gt; I have generated Amber topology and coordinate files for GTP molecule.<BR>&gt; Then, I converted them into the corresponding gromacs topology (.top)<BR>&gt; and coordinate files (.gro). Now, I need to convert this gromacs .top<BR>&gt; file into .itp format.<BR>&gt; Is there any command in gromacs or any other tool to do so.<BR>&gt; Thanks<BR>&gt;<BR>&gt; ----<BR>&gt; Neeru Sharma<BR>&gt; CDAC,Pune (India)<BR>&gt;<BR>&gt;<BR>&gt;<BR>emacs or vi. your choice.<BR><BR>-- <BR>David van der Spoel, Ph.D., Professor of Biology<BR>Dept. of Cell &amp; Molec. Biol., Uppsala University.<BR>Box 596, 75124 Uppsala, Sweden. Phone:&nbsp;&nbsp;&nbsp; +46184714205.<BR><A href="http://cn.mc156.mail.yahoo.com/mc/compose?to=spoel@xray.bmc.uu.se" ymailto="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</A>&nbsp; &nbsp; <A href="http://folding.bmc.uu.se/"
 target=_blank>http://folding.bmc.uu.se</A><BR>-- <BR>gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <A href="http://cn.mc156.mail.yahoo.com/mc/compose?to=gmx-users@gromacs.org" ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</A><BR><A href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target=_blank>http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</A><BR>Please search the archive at <A href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target=_blank>http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</A> before posting!<BR>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <BR>www interface or send it to <A href="http://cn.mc156.mail.yahoo.com/mc/compose?to=gmx-users-request@gromacs.org" ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</A>.<BR>Can't post? Read <A href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists"
 target=_blank>http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</A><BR></DIV></BLOCKQUOTE></td></tr></table>