<html><head></head><body bgcolor="#FFFFFF"><div>Hi!</div><div><br></div><div>There is support in gromacs for gb calculations. However, I'm currently investigating some recent reports about &nbsp;unstable simulations (unfolding proteins), so my advice is to use the code with caution.</div><div><br></div><div>Thanks</div><div>/Per<br></div><div><br></div><div><br>30 nov 2011 kl. 20:04 skrev "R.S.K.Vijayan" &lt;<a href="mailto:biovijayan@gmail.com">biovijayan@gmail.com</a>&gt;:<br><br></div><div></div><blockquote type="cite"><div>Dear Gromacs users<br><br>Is there any script&nbsp; that does a PB or GB calculation to perform a MM/PB(GB)SA free energy&nbsp; calculation in Gromacs. Similar to the MMPBSA.py script available in Amber.&nbsp; I find a similar question raised by a user a couple of years back.&nbsp; Any successful implementation????<br>
<br><br>Vijayan.R&nbsp; <br><br><br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Nov 30, 2011 at 1:26 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
<br>
<br>
κΉ€ν˜„μ‹ wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
Dear Experts,<br>
&nbsp;Hi,<br>
&nbsp;Is there any tools in gromacs to get "Hydrophobic cores" of protein ?<br>
 &nbsp;<br>
</blockquote>
<br>
I suppose that depends on what your definition is, but in all likelihood no, not directly. &nbsp;A program like g_sas can give you nonpolar and polar surface areas as well as volumes and surface atoms, which, through crafty use of index groups, may provide you with something useful.<br>

<br>
-Justin<br>
<br>
-- <br>
==============================<u></u>==========<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | <a href="tel:%28540%29%20231-9080" value="+15402319080" target="_blank">(540) 231-9080</a><br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.<u></u>vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
==============================<u></u>==========<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
-- <br>
gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/<u></u>mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists</a><br>
</font></span></blockquote></div><br>
</div></blockquote><blockquote type="cite"><div><span>-- </span><br><span>gmx-users mailing list &nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a></span><br><span><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a></span><br><span>Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!</span><br><span>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the </span><br><span>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.</span><br><span>Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a></span></div></blockquote></body></html>