<div class="gmail_quote">Dear gmx-users,<div><br></div><div>I want to make a long nano-fiber composed of many non-covalently bonded proteins, it elongates along the Z axial direction.<br><div><br></div><div>in editconf, we can define the &quot;Distance between the solute and the box&quot;, but it works for x,y and z directions at the same time.</div>



<div><br></div><div>e.g. my command </div><div>editconf -f protein.gro -o protein_box.gro -c -d 1.0 -bt cubic,    then the out come would be a box with  of at least 1.0 nm &quot;<span style="font-family:Arial">between any two periodic images of a protein</span>&quot;.</div>



<div><br></div><div>What should I do if I want to set the distance for z axis smaller than x and y? which means, let the molecules along Z &quot;see&quot; each other within 2nm? </div></div><div><br></div><div><br></div>

<div>Thanks!</div>
<span><font color="#888888">
<div><br></div><div>Xiaojia</div>
</font></span></div><br>