
<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt"><div>Hi Gmxers,</div><div><br></div><div>I used g_dist to find all water molecules within 5 Angstrom of a protein in a trajectory with a little surprise that gromacs directly prints out those water on my screen rather than in an output file.</div><div>Since in each frame, those water molecules are not the same, I realize I need to make a dynamic index or indices for them.</div><div>However I do not see any flag I could possibly introduce those water in g_select and then use -on flag to produce a dynamic index.</div><div>Anyone has met this before?</div><div><br></div><div>Thanks,</div><div><br></div><div>Yao<br></div><div><br></div></div></body></html>