Dear Sir,<div><br></div><div>I am studying a protein complex. I have perforemed 10ns simulations. I saved snapshots every10ps. sp all snap shopts I got were 1000.</div><div><br></div><div>Now I want to analyse them with respect to interactions. I want to check the binding surfaces and binding points which come closer and incontact during simulations. Can you devise me a way to perform such kind of analysis. Further more I am interested to know the binding energies as well. What sort of other analysis can be done on this complex.<br clear="all">
<div><br></div>-- <br>Saba Ferdous<div>Research Scholar (M. Phil)</div><div>National Center for Bioinformatics</div><div>Quaid-e-Azam University, Islamabad</div><div>Pakistan</div><br>
</div>