<font color="#000099">Dear Gromacs users,<br><br>Im new to gromacs and I&#39;m following a tutorial (<a href="http://nmr.chem.uu.nl/~tsjerk/course/molmod/">http://nmr.chem.uu.nl/~tsjerk/course/molmod/</a>). Unfortunately, the tutorials doesn&#39;t say anything about how to update the topology file after using &#39;genion&#39; to replace a few water molecules with ions. <br>

I manually edited the topology file and updated the number of water molecules and added the number of ions:<br><br>[ molecules ]<br>; Compound        #mols<br>Protein_chain_A     1<br>SOL              7791<br>Na+              26<br>

Cl-              23<br><br>But then when I tried to preprocess the structure with grompp, I got an error:<br><br>Fatal error:<br>No such moleculetype Na+<br><br>Any help will be greatly appreciated!<br><br clear="all"></font><span style="color:rgb(0, 0, 153)">Jose M. Borreguero</span><br>

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