<br clear="all">Dear gmx_users,<br><br>I was just wondering how the g_msd (of gmx 4.0.7) code, takes care of the PBC. e.g. If I want to calculate the lateral diffusion of a lipid bilayer and at some point of the trajectory, some lipid molecules, due to PBC in the lateral direction, might pop out from one side of the box and re-ener from the other side. I such a situation it should show a very lage msd, but actually in the g_msd code, this fact is taken care of. Can some one explain, how is this effect taken care of.<br>

<br><br>Chandan<br>--<br>Chandan kumar Choudhury<br>NCL, Pune<br>INDIA<br>