Hi users,<br><br>Am running the mdrun_mpi on cluster with the md.mdp parameters as-<br><br>; VARIOUS PREPROCESSING OPTIONS<br>title                    = Position Restrained Molecular Dynamics<br><br><br>; RUN CONTROL PARAMETERS<br>
constraints = all-bonds<br>integrator = md<br>dt = 0.002 ; 2fs !<br>nsteps = 2500000 ; total 5000 ps.<br>nstcomm = 10<br>nstxout = 500 ; collect data every 1 ps<br>nstxtcout = 500<br>nstvout = 0<br>nstfout = 0<br>nstlist = 10<br>
ns_type = grid<br>rlist = 1.0<br>coulombtype = PME<br>rcoulomb = 1.0<br>vdwtype = cut-off<br>rvdw = 1.4<br>pme_order = 4<br>ewald_rtol = 1e-5<br>optimize_fft = yes<br>DispCorr = no<br>; Berendsen temperature coupling is on<br>
Tcoupl = v-rescale<br>tau_t = 0.1 0.1<br>tc-grps = protein non-protein<br>ref_t = 300 300<br>; Pressure coupling is on<br>Pcoupl = parrinello-rahman<br>Pcoupltype = isotropic<br>tau_p = 1.0<br>compressibility = 4.5e-5<br>
ref_p = 1.0<br>; Generate velocites is on at 300 K.<br>gen_vel = yes<br>gen_temp = 300.0<br>gen_seed = -1<br><br><br>The grompp runs fine. but when i run the mdrun_mpi i get an error such as-<br><br>Child exited abnormally!<br>
Killing remote processes...DONE<br><br><br>Aiswarya<br>