<b>Dear gmx-users, <br>I am trying to insert a custom residue (a phosphoserine) in Gromacs using force field Amber ff99sb-ildn.<br>I created a new .rtp entry named SEP like this:</b><br><br>[SEP]<br> [ atoms ]<br>     N    N           -0.49370     1<br>
     H    H            0.30180     2<br>     CA   CT          -0.23800     3<br>     HA   H1           0.09370     4<br>     CB   CT           0.07820     5<br>     HB1  H1          -0.06020     6<br>     HB2  H1          -0.06020     7<br>
     OG   OS          -0.55930     8<br>     PS   P            1.40000     9<br>     OPA  O2          -0.85000    10<br>     OPB  O2          -0.85000    11<br>     OPC  O2          -0.85000    12<br>     C    C            0.67310    13<br>
     O    O           -0.58540    14<br> [ bonds ]<br>     N     H<br>     N    CA<br>    CA    HA<br>    CA    CB<br>    CA     C<br>    CB   HB1<br>    CB   HB2<br>    CB    OG<br>    OG    PS<br>    PS   OPA<br>    PS   OPB<br>
    PS   OPC<br>     C     O<br><br><b>After that, I got this error:</b><br><br>WARNING: atom H is missing in residue SEP 124 in the pdb file<br>         You might need to add atom H to the hydrogen database of building block SEP<br>
         in the file aminoacids.hdb (see the manual)<br><br><br>WARNING: atom HA is missing in residue SEP 124 in the pdb file<br>         You might need to add atom HA to the hydrogen database of building block SEP<br>         in the file aminoacids.hdb (see the manual)<br>
<br><br>WARNING: atom HB1 is missing in residue SEP 124 in the pdb file<br>         You might need to add atom HB1 to the hydrogen database of building block SEP<br>         in the file aminoacids.hdb (see the manual)<br>
<br><br>WARNING: atom HB2 is missing in residue SEP 124 in the pdb file<br>         You might need to add atom HB2 to the hydrogen database of building block SEP<br>         in the file aminoacids.hdb (see the manual)<br>
<br><br>-------------------------------------------------------<br>Program pdb2gmx, VERSION 4.5.3<br>Source code file: pdb2top.c, line: 1449<br><br>Fatal error:<br>There were 4 missing atoms in molecule Protein_chain_A, if you want to use this incomplete topology anyhow, use the option -missing<br>
For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS<br>website at <a href="http://www.gromacs.org/Documentation/Errors">http://www.gromacs.org/Documentation/Errors</a><br>-------------------------------------------------------<br>
<b><br><br>So, I modified aminoacids.hdb adding a new entry for SEP:</b><br><br>SEP     4<br>1       1       H       N       -C      CA<br>1       5       HA      CA      N       CB      C<br>2       4       HB      CB      CA      N<br>
<b><br>but when I tried to use pdb2gmx in order to create .gro and .top files I got the following error:</b><br>-------------------------------------------------------<br>Program pdb2gmx, VERSION 4.5.3<br>Source code file: h_db.c, line: 174<br>
<br>Fatal error:<br>Error reading from file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top//amber99sb-ildn.ff/aminoacids.hdb<br>For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS<br>website at <a href="http://www.gromacs.org/Documentation/Errors">http://www.gromacs.org/Documentation/Errors</a><br>
_______________________________<br><br><b>This is not making any sense to me, since the file is still there, and the only change was the new SEP entry...</b><br>I appreciate any help you could give!<br>Best regards<br>                                                                            Alberto<br>
<br><br><br><br><br><br><br>