Dear Sir,<br>I need to ask you that if I want only pdb coordinates in the resultant md-noPBC.xtc/md-noPBC.pdb file rather than the solvant atoms and coordinates then what should I do. because the water box causes very delay in loading of frames and its difficult to viualize the trajectory. kindly help me to get out of the broblem. I only want that my protein get display in vmd rather than the water box.<br>
the size of md-noPBC.xtc is 612 Mb<br>md-noPBC.pdb  is 13.2 GB<br><br>analysis is getting very slow and system is hanging. kindly help me out to fix this problem.<br><br>Regards <br>Thanks<br><br clear="all"><br>-- <br>Saba Ferdous<div>
Research Scholar (M. Phil)</div><div>National Center for Bioinformatics</div><div>Quaid-e-Azam University, Islamabad</div><div>Pakistan</div><br>