<pre>Hi, <br><br>You should use trjconv in 2 steps:<br><br>(1)  trjconv_d -s md_100ns.tpr -f md_100ns.xtc -o md_100ns_pbc_nojump.xtc -pbc nojump<br><br>in this step, select system for output<br><br>(2)  trjconv_d -s md_100ns.tpr -f md_100ns_pbc_nojump.xtc -o md_100ns_pbc_mol_center.xtc -pbc mol -center

in this step, select solute for centering and system for output.<br><br>I hope it help you<br><br><br></pre>