Dear Gromacs users,<br><br><br>I am simulating a system containing a protein with covalently attached Mg in complex with GDP.<br><br>For nvt equilibration, I have taken protein+Mg+GDP as the single group and Water+ions as the other. The corresponding block from the .mdp file is below:<br clear="all">
<br>-- ; Temperature coupling is on<br>tcoupl      = V-rescale                   <br>tc-grps     = Protein_MG_GDP Water_and_ions<br><font style="font-family:trebuchet ms,sans-serif" size="2"></font><br><br><br>Is this coupling method correct, to treat Protein and Mg as different quantities?<br>
<br><br>Thanks<br>---<br><br>Neeru Sharma<br>Pune (India)<br>