Dear GMXers,<br><br>I need to use charmm ff (same question for amber ffs), and am confused with what value I should give to nrexcl in [ moleculetype ], 2 or 3?<br><br>According to the manual (v 4.5), &quot;nrexcl = 3 stands for excluding non-bonded interactions between atoms that are no further than 3 bonds away.&quot; In charmm ff, 1-4 interactions are needed and it is &quot;no further than 3 bonds away,&quot; so I should use nrexcl = 2. However, it is 3 in charmm27.ff/ folder.<br>
<br>By the way, I did a simple test with a dihedral a-b-c-d. Only a and d have charges. If I use nrexcl =3, no electrostatics energy is reported while the value matches with the one calculated by hand when I set nrexcl to be 2.<br>
<br>Your clarification is greatly appreciated.<br><br>Luke<br>