Hi all<br><br>I have a query about  the eigenvalue values obtained from g_covar and g_anaeig<br><br>I performed essential dynamics using  PCA on my system (Protein-DNA complex) considering BB of the protein and the phosphate and sugar of the DNA for a 50 ns trajectory. The eigenvalue which i do obtain for the top 10 principal components are stated below  <br>
<br>         1 10.1064<br>         2 4.78616<br>         3 4.07406<br>         4 3.48535<br>         5 2.7176<br>         6 2.13348<br>         7 1.75909<br>         8 1.45699<br>         9 1.12932<br>        10 0.893933<br>
<br>What i infer from this is that the cumulative variance experienced by  the top 10 PC is  hardly ~ 30 %. <br><br>so my questions are<br><br>a) does this imply inadequate sampling by MD or a limited conformational change happening  in the system???? <br>
b) is it wise to consider the Nucleic acid during essential dynamics or should it be discared and only the Protein BB or CA be considered.<br><br>Thanking you in advance for your suggestions. My apologies since it sound to be a very general question and rather not very specific to Gromacs.<br>
 <br>Regards<br>Vijayan.R<br>