hello sir,<br> Thanks for your reply..<br>i like to know is it better to do x2top for my whole protein instead of seperating fattyacid from aminoacid to generate rtp file and top file since  mine is a cyclicheptapeptide..<br>
so that i can use that top file for doing my energy minimization ,position restr ad dynamics..<br><br>Thanking you,<br>