Dear GROMACS users,<br><br><br clear="all">I have done Normal Mode Analysis and have calculated partial charges and the optimized geometry of a few compounds using high-level QM calculations. Now I want to see (if possible) how well GROMACS can reproduce the normal modes if I start from the same optimized geometry and use the same partial charges. The command lines I use are the following:<br>
<br>ligand=&quot;10058_F4.nw.new_GMX&quot;<br><br>## do Normal Mode Analysis<br>grompp_d4.5.5 -f nm.mdp -c ${ligand}.gro -p ${ligand}.top -o nm.tpr<br>mdrun_d4.5.5 -v -deffnm nm<br><br>## calculate the eigenvectors/values of the Hessian matrix and write the eigenvectors to a trajectory file<br>
g_nmeig_d4.5.5 -f nm.mtx -s nm.tpr -of -ol -v -m -last 81<br><br>## plot the vector components and the RMS fluctuation per atom of eigenvectors for all eigenvectors<br>echo 0 | g_anaeig_d4.5.5 -v eigenvec.trr -s nm.tpr -eig eigenval.xvg -comp -rmsf -last -1<br>
<br>## create a trajectory from the eigenvector 76 (the first 6 are the rotation and translation) to visualize the vibrations in VMD<br>g_nmtraj_d4.5.5 -s nm.tpr -v eigenvec.trr -eignr &quot;76&quot; -nframes 10 -amplitude 1 -o<br>
<br>Most of the resulting normal modes do not coincide with the respective ones calculated through QM. Does the order of the above command lines make sense?<br><br><br>An obvious problem is that the starting compound geometry is not in full precision as highlighted in the documentation:<br>
<br><a href="http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Normal_Mode_Analysis">http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Normal_Mode_Analysis</a><br><br>Is it possible to create a full precision .trr coordinate file from a .gro or any other structure file with modified 8-decimal point coordinates?<br>
<br><br>I am looking forward for an answer,<br>Thomas<br><br><br>