hello sir,<br> Thanks for your reply.<br> initially i tried with pdb2gmx command.but i got error. <br>as i said mine is a cyclicheptapeptide. my fattyacid residue type is  BFC.<br>when i performed <br>pdb2gmx -f protein.pdb -p protein.top -o protein.gro -ignh<br>
<br>it showed error as <br><br><b>Processing chain 2 &#39;A&#39; (16 atoms, 1 residues)<br>Warning: Starting residue BFC1 in chain not identified as Protein/RNA/DNA.<br>Problem with chain definition, or missing terminal residues.<br>
This chain does not appear to contain a recognized chain molecule.<br>If this is incorrect, you can edit residuetypes.dat to modify the behavior.<br>8 out of 8 lines of specbond.dat converted successfully<br><br>-------------------------------------------------------<br>
Program pdb2gmx, VERSION 4.5.5<br>Source code file: resall.c, line: 581<br><br>Fatal error:<br>Residue &#39;BFC&#39; not found in residue topology database</b><br><br>i know i want to include BFC residue into my rtp file but dono how to include.. how can i get those parameter to include like its angles, dihedrals etc.<br>
x2top ll give top and rtp file.so i tried that.<br>how to solve my problem.<br><br>help me with your answer sir.<br><br><br> <br><br>