Dear Mark,<br>Thanks for your answer.<br>I have done these steps:<br>1. Prepare ligand topology by PRODRG server (like fifth gromacs tutorial)<br>2. Download lipid.itp file and make new force field for it (like second gromacs tutorial)<br>
3. Use editconf and cat to prepare a system with 12 ligand in both sides of lipid.<br>4. Add wares<br>5 . Add 8 CL<br><br>[ molecules ]<br>; Compound        #mols<br>DRG             12<br>DMPC            128<br>SOL         1976<br>
CL          12<br><br>5. Use these parameters in minim.mdp file:<br><br>Integrator    = steep<br>emtol         = 1000.0 <br>emstep      = 0.0001<br>nsteps       = 50000<br>nstlist         = 1      <br>ns_type      = grid    <br>
rlist             = 1     <br>coulombtype    = PME  <br>rcoulomb     = 1    <br>rvdw           = 1      <br>pbc            = xyz     <br><br>Statistics over 397 steps [ 1.0000 through 397.0000 ps ], 1 data sets<br>All statistics are over 319 points (frames)<br>
<br>Energy                      Average   Err.Est.       RMSD  Tot-Drift<br>-------------------------------------------------------------------------------<br>Potential                6.00519e+09    5.5e+09 2.98259e+10 -3.30965e+10  (kJ/mol)<br>
<br>Its value is positive and after:<br>g_energy -f em.edr its curve converges to zero.<br>Help me to correct its parameter if its possible.<br>I have another question, should I do energy minimization after adding each ligand molecules to bilayer?<br>
<br>Thanks in advance.<br>P.Haghighi<br><br><br><br><br>