Hello Everybody,<div><br></div><div>I have 2 different protein chains (not a homodimer), chain C and chain F in a PDB file.</div><div>These 2 proteins are interacting proteins close in proximity.</div><div>I would like to use energy minimization (EM) and equilibration (EQ) to approximate the most relaxed interacting conformation between these 2 proteins.</div>

<div>However, after EM, these 2 chains become far apart in space. (I checked with PyMOL using editconf for the resulting EM .gro file)</div><div>My previous EM and EQ run for a different set of 2 proteins did not have this error.</div>

<div>May I please know how I can rectify this?</div><div><br>Thank you!</div><div>- Benjamin</div>